在传统帝制时代的最后一个王朝——清朝，曾经出现过两个极其特殊、重要，且组织架构相仿的中央机构，那就是设立于雍正年间的军机处和设立于咸丰末年的总理衙门。今天，人们如果仅从字面上对它们进行理解，就可能出现较大的误会：军机处虽冠以“军机”之名，职能范围却不仅仅局限于军事;而总理衙门号称“总理”，却也并非政府内阁。WWw.LsQN.Cn两者有重要的共通之处，即最先皆为应对国家面临的重大情况而成立，但最后却成常设机构;第二是它们作为最高级别的国家机构，却都是“差遣”性质，官员无品秩，属于兼差。
从清末到民国，清代制度往往被作为当代掌故的范围，谈论者虽多，但未入学术研究的范围，在叙述上凭借部分官书或遗老回忆，辅之以推测、发挥，准确性欠佳，且论证往往不得要领。而在后来近代史研究的框架下，学界的关注又指向几个重大历史事件，或重大命题。在古代史研究领域被称作“四把钥匙”之一的职官，反不为人所重视。1937年12月，燕京大学教授邓之诚先生，曾以史家视角详谈军机处，对这一重要机构有较为准确的说明(参见王锺翰著《清史杂考》附录)，不过因时代较早，档案开放不够，邓先生的说明，欠缺尚多。
清代军机处与总理衙门，在文献中常以“枢译两署”之名同时出现。所谓“枢”，又称枢垣，即军机处，“枢”字大约取自唐宋“枢密院”;译署，全称“总理各国事务衙门[注: 总理各国事务衙门简称“总理衙门”、“总署”、“译署”，为清政府为办洋务及外交事务而特设的中央机构，于1861年1月20日由咸丰帝批准成立。]”，简称总理衙门、总署。之所以称“译署”，有可能得自礼部“会同四译(夷)馆”的启示，那是接待朝贡使者的中央机构。
如前文所述，两机构的特殊之处，首先在于名称。无论军机处、总理衙门，其名称皆自古所未有。军机处虽冠以军机之名，但其职守所在，举凡国家大事，政治、经济、军事、外交各方面，无不涉及;总理衙门从其全称“总理各国事务”的字面来看，是管理涉外事务的机构，但从设立起，它就成为新式海关、新式工业、新式军事、新式教育等各方面无所不管的中央机构。从设置和人员来看，两机构的特点更加鲜明。其办事大臣，主要由内阁大学士[注: 官名 唐代有宏文馆学士、集贤院学士，为掌文学著作之官，尝以宰相兼领、知馆、院事，称大学士。 历史 宋沿之，对学士中资望特高者，加‘大’字。]、六部尚书、六部侍郎等一二品大员充任，总理衙门还长期由亲郡王领衔，但却仅属于“差遣”，也就是说，办事大臣，都没有对应的品秩，看上去有点像是临时机构。
国家机构的设置与变动，往往是为应对特定时期新的需要。然而，机构一经设置，则通常会按照制度本身的理路进行演进。
雍正年间，因西北用兵的需要，雍正帝在内廷成立军机房，选大学士、六部与理藩院尚书、侍郎入直，参与军务。军机房后改为军机处，成为清帝最重要的秘书机构。它的设置，是清廷为适应对准噶尔用兵而形成的战时体制，也是出于雍正帝加强自身权力的需要。
此前，体制内存在的中央事务机构，主要是内阁、六部、理藩院。内阁源自明代。明太祖朱元璋废宰相之后，亲理国家政事。因工作量太大，而多拔擢品秩较低的翰林为殿阁大学士，辅助自己处理政务文书。在此基础上，内阁制慢慢形成，且地位渐高，阁臣中出现首辅大臣，权势极为煊赫。在明代，国家政务以题奏本章形式上呈御前，然后根据皇帝旨意下达内阁，由内阁撰拟意见，贴条呈进，称为“票拟”。票拟后的章奏，再经皇帝或司礼监易红批出，成为政府决策，发下施行。
在清代入关前，有所谓“内三院”的设置，即内国史院、内秘书院、内弘文院，分别掌管记注皇帝起居及诏令、撰拟外国往来文书、注释古今政务得失并在御前进讲。顺治年间，仿明制，改内三院为内阁，内阁大学士加殿、阁衔。内阁职守及政务文书的处理流程，与明代近似。到雍正朝之后，内外官员上递的题本、奏本，或经通政使司送达，或径达内阁，由内阁撰拟票签，交皇帝阅后，批红发下施行。
不过，内阁虽处紫禁城之内，但与皇帝起居之所，即乾清门内区域相去较远。据后世军机章京梁章钜说：“儤直者多虑漏泄事机，始设军需房于隆宗门内。”也就是说，军机处的设立，是出于在军国大事上严格保密的需要。雍正十年(1732)，上谕命礼部铸造军机处办理密行事件所需印信，“办理军机处”成为这一机构的正式名称。
军机处一经成立，立即分内阁之权。这与清代政治中又一重要的文书——奏摺紧密关联。清初沿用明朝旧例，国家政务经由内外官员撰拟本章，向皇帝汇报。其中，公事称“题本”，须钤印;私事则称“奏本”，不用印。题本与奏本，或经通政使司传递，或在御门听政时公开讨论，它们最后皆由内阁拟批票签意见，交皇帝审阅，从而形成针对性的谕令。由于这一过程难以保证题奏本章言事的机密性，故而一项更加私密的政务文书——奏摺，在康熙年间应运而生。奏摺由皇帝亲信或重要大臣撰写后，亲自用匣密封，派专差递至京中，不经通政使司转递，也不发往内阁，而是由名为“奏事处”的新设机构径达御前，交皇帝亲拆亲阅，保密性极强。从今天保留的档案来看，奏摺制度在康熙后期已大盛。心思缜密、驭下严酷的雍正帝对奏摺这一文书形式很是偏爱，且批答极为用心。国家的重要政务，从军务、人事到地方雨水物价，都成为奏摺汇报的内容。奏摺的处理，则逐渐与军机处关联了起来。
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