但是，事情的发展并不按秦始皇的本来设想进行，这些博士和诸生都是旧时代的学者，满脑子都是旧文化和复古思想，认为复古周礼的儒家思想都是好的。所以，他们不但对加强专制统治思想没有帮助，反过来对秦始皇的所为指手划脚，说三道四。而秦始皇恰恰是个蔑视儒家、推崇法家思想的人，他十分崇拜法家集大成者韩非的主张：“明主之国，无书简之文，以法为教；无先王之语，以吏为师。”认为这才是富国强兵，超越三皇五帝的唯一妙法，所以对博士诸生的表现心有不满。始皇三十四年（前213年），在咸阳宫的一次宴会上，博士淳于越提出废郡县，立分封，认为“事不师古而能长久者，非所闻也。”始皇命令群臣议论，丞相李斯谬其说，绌其词，上书皇帝曰：过去天下散乱，没有能统一之者，所以诸侯并起，“语皆道古而害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上所建立。今陛下并有天下，别黑白而定一尊；而私学乃相与非法教之制。闻令下，即各以其私学议之，入则心非，出则巷议，非主以为名，异趣以为高，率群下以造谤。

　　如此不禁，则主势降乎上，党与成乎下不便。”李斯这番利害析说，使始皇大为称是，准许了李斯提出的焚书的建议，即除去秦国的历史书籍以外，其他史书及《诗》、《书》百家语之类全部烧毁的建议。除博士官掌管的图书和农书医书及求神问卜之书外，各地所有一切藏书全部交到当地官府烧毁。命令下达后30天之内不烧者，判刑服劳役。下令今后如还有人敢于议论诗书，判死刑。以古非今者全族处死。官吏知道而不揭发者治以同罪。李斯的一个建议，就使秦帝国统治所及之处，到处点燃了焚书之火，不到30天，秦以前的古典文献，尽皆化为灰烬，中国古代思想文化遭到了前所未有的摧残。这就是历史上有名的“焚书”事件。

　　在秦始皇采取愚蠢的焚书措施后仅1年，又发生了“坑儒”惨剧。秦始皇知道，书虽然焚了，但人的思想无法焚掉，在自己的政权机构中，还有部分怀有复古思想的旧贵族掌管着文化事业，对这些人必须加以清除。但以什么为借口呢？

　　秦始皇是一个具有数重性格的人，即有他披挂上阵，统率千军万马吞灭六国的雄勇气概，又有其迷信神仙，贪生怕死的怯弱心理。当他统一中国成为历史上第一位皇帝开始，他就迷上了神仙方术，重用方士，炼丹求药，不惜耗费巨额钱财，派人去远海深山寻求长生不死之药。秦始皇三十五年（前212年），有两个替他寻求长生不老仙药的方士侯生和卢生，明知仙药根本就是没有的，他们无非是为诈取富贵而已。

　　时间已久，怕骗局终归败露，乃相与谋曰：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚办于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠，……天下之事无大小皆决于上，……贪于权势至如此，未可为求仙药。于是乃亡去。”始皇听了这一消息，龙颜大怒，指责方士“韩众等去不报，徐巿等费以巨万计，终不得药，徒奸利以相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”“于是使御史悉案问诸生，诸生转相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳。”并告知天下，以惩戒后。这就是历史上所谓的“坑儒”事件。坑儒事件并不只这一次，在此后又接连发生了第二次、第三次屠杀。《文献通考;学校考》云：始皇“又令冬种瓜丽山，实生，命博士诸生就视，为伏机，杀七百余人。秦二世时，又以陈胜起，召博士计生议，坐以非所宜言者，各数十人。然此秦之于博士弟子，非惟不能考察试用之，惟恐其不澌尽泯没矣。”

　　秦始皇采取极其野蛮粗暴的方式“焚书”、“坑儒”，希望以此残酷的手段达到思想上的高度统一，充分体现了封建地主阶级专政的残酷和皇帝掌握着至高无上的权力。焚书摧残了自春秋战国以来百家争鸣所形成的文化繁荣局面，使祖国文化宝库蒙受了灾难。坑儒则沉重地打击了儒家学派及广大知识分子，使法家学说完全官学化。而秦王朝就是因为独行法家严酷理论才导致速亡.