曹操晚年所猜防能危及其政权者在异姓世族。曹丕时则转而排斥同生手足，虽仍继承其父之重用亲族曹氏、夏侯氏政策，但亦逐渐起用异姓世族陈群、司马懿等人。丕晚年更将操提防异姓的措施抛之脑后，使陈群、司马懿与同姓大员曹真等共录尚书事。曹叡不仅对司马懿特加倚重，对懿之长弟司马孚亦甚青睐，他曾赞叹说：“吾得司马懿二人，复何忧哉！”于是转孚为度支尚书，“后除尚书仆射，进爵昌平亭侯，迁尚书令”。曹叡临死，令曹爽、司马懿辅少帝。少帝即位，“加曹爽、司马懿侍中，假节钺，都督中外诸军，录尚书事”。《资治通鉴》卷74景初三年（239年）胡注：“爽、懿既督中外诸军，又录尚书事，则文武太权尽归之矣。”

　　东汉时，尚书台不仅是天子政令所自出，而且也是总揽政务的机构，其长官尚书令总揽纲纪，无所不统。每会同，尚书今与御史中丞、司隶校尉皆专席而坐。当时京师号称“三独坐”。实际后二官的权势远远不能同尚书今相提并论。尚书令的副手为尚书仆射。曹魏置尚书仆射一或二人，二人并置时称左右仆射。若尚书令缺，由左仆射代行令事。蜀、吴均只置一仆射。据《晋书》卷24《职官志》的记述，魏有吏部、左民、客曹、五兵、度支共五曹尚书。吏部亦称选部，主选用官吏。左民主缮修功作、盐池园苑，客曹主少数民族及外国事务。五兵主中兵、外兵、骑兵、别兵、都兵。度支主军国支计。其中以吏部尚书为最重要，授此职者直称吏部尚书。其他往往只称尚书，而不提其曹名。魏时以五曹尚书、二仆射、一令为八座。曹叡时，陈矫为尚书令，曹叡尝猝至尚书门，矫跪问叡：“陛下欲何之？”叡答：“欲案行文书耳。”矫曰：“此自臣职分，非陛下所宜临也。若臣不称职，则请就黜退，陛下宜还”。于是叡惭而返。史颇称述陈矫的亮直。同时也表明了尚书令职权的受尊重。又贾诩劝李傕等攻长安成功，傕等感诩，欲以诩为尚书仆射。诩辞曰：“尚书仆射，官之师长，天下所望，诩名不素重，非所以服人也。纵诩昧于荣利，奈国朝何！”于是以诩为尚书，“典选举，多所匡济，傕等亲而惮之”。当荀彧为尚书令时，曹操以或功大，上表献帝赠彧官爵，“彧固辞，不通太祖表”。说明尚书今有决定是否将臣下表疏呈给皇帝省览的权限。《全后汉文》卷34引应劭《汉官仪》说：

　　凡三公、列卿、将、大夫、五营校尉行复道中，遇尚书令、仆射、左右丞，皆回车豫避，卫士不得迕台官，台官过，乃得去。