司马睿出身于西晋皇族。西晋末代皇帝司马邺与司马睿是叔侄关系。祖父司马颙为司马懿的庶出之子，魏帝曹芳正始年间，始受封为南安亭侯。嘉平初年，司马懿发动高平陵政变，从而控制了曹魏政府的实权。司马懿为代魏准备条件，分别派诸子出任境内几个重要地区的都督。司马颙以宁朔将军之职坐镇邺城。邺城是曹操封魏时的都城，曹魏王公的聚居之地，素为屯兵屯粮的重镇。司马颙被委镇此地，反映了司马懿对他的重视。在魏世，司马颙还先后担任过散骑常侍、右将军、监兖州诸军事、兖州刺史、征虏将军等职。西晋开国后，又历任尚书右仆射、抚军将军、镇东大将军、假节、都督徐州诸军事等职，初封东莞郡王，后改封琅邪王。平吴之役，司马颙率军出涂中，立有大功，遂进拜侍中、大将军、开府仪同三司、并督青州诸军事等职。父司马觐为司马颙长子，初拜冗从仆射，后袭爵琅邪王。一生无突出事迹。

　　咸宁二年（276），司马睿生于洛阳。太熙元年（290）司马觐死，年仅十五岁的司马睿依例袭琅邪王爵。同年四月，晋武帝司马炎去世。继立的司马衷鲁愚迟钝，无力驾驭政局，统治阶级内部为争夺最高权力展开了极端残酷的攻杀。在动荡险恶的*环境中，处于帝室疏族地位的司马睿无兵无权，为避杀身之祸，他采取恭俭退让的方针，尽量避免卷入斗争的旋涡。在洛阳，司马睿交结密切的朋友只有王导。王导，字茂弘，出身于北方头等士族的琅邪王氏，公认的名士领袖王衍是其族兄。王导是西晋末年有一定才能的*家。他预见到天下将要大乱，为利用司马睿而施展自己的*抱负，曾多次劝说司马睿离开多事的首都地区回到封国。司马睿赞成王导的主张，但是一直找不到归国的机会