由于不断有大批流民南下，东晋朝廷设置侨州、郡、县，以维护侨人士族的特权和安置侨人。北方原有的徐、兖、青、司、豫、雍、秦、幽、冀、并等在南方都有侨州。侨州、郡，县对招徕北方流民与社会安定起一定的作用，但是，也引起地方行政系统的紊乱。后来，土断多次进行。因此，东晋从咸和（326—336）中实行“上断”。所谓土断，就是以居住地（“土”）作为断走户籍的依据，使侨人著籍，与原来的居民偏成统一的户籍。

　　门阀士族拥有优厚的-、经济特权。他们凭藉门第，自可平步青云，轻易位至公卿。当时的中央和地方的文武要职基本上都由士族担任，特别是集中在北方士族王、庚、桓、谢和江南士族周、陆、顾等七大家族手中。他们兼并土地，封固山泽，荫占佃客，役使奴隶，过着寄生生活。在东晋门阀士疾中，出现过桓温、谢安、谢玄等有作为的人物，但是，在特权和寄生生活的腐蚀下，门阀士族日趋没落，有才能的人越来越少了。

　　东晋兵役徭役十分沉重，“殆无三日休停，至有残形剪发，要求复除，生儿不复举养，鳏寡不敢妻娶”。隆安三年（399），朝廷征发由奴隶放免为佃客者当兵，激起浙东农民的愤恨，举行暴动。当时，逃匿在海岛的五斗米道徒孙恩乘机率所部登陆，与农民斗争合流，形成有组织的起义。起义军转战东南各郡县，很快发展到数十万人，在这一期间，东晋中央与地方势力反复较量，元兴元年（402），荆州都督桓玄攻进建康，并于次年称帝，建国号为楚。孙恩也再次发起攻击，战败而死。余部由卢循、徐道覆统率，南下广州。

　　当门阀士族日趋没落时，次等士族出身的北府将领刘裕蓦然崛起，担负了推翻桓玄和镇压农民起义的任务，同时也把东晋的政权控制在手中。至此，东晋的门阀-结束了，而东晋也寿终正寝了。