中药的制作是很麻烦的，像蜜丸的制作需要经过蒸、炒、煅、烫、制、浸、霜冻等四十多道工序。有些成药制成后还要放上几年，使燥气减少后才能出售，这样一来必然占压了资金，但却提高了药物的疗效。

    从清雍正元年开始，同仁堂就开始专门为清宫御药房提供中药了，连皇帝、后妃吃的药也是同仁堂制作的，这样同仁堂就从经费上获得了朝廷的大力支持，有时清宫一次拨给同仁堂的经费就够用上几年的。同仁堂多次为宫内办药，都要先由太医院奏明皇帝，再下圣旨到全国各地，命令各地将上好的药材上贡送到北京。同仁堂还常常打着朝廷的旗号到处收购上等药材，使其他药店在竞争中处于劣势。

    由于同仁堂的名气大，外地的一些商人也将自家药店改名“同仁堂”，为此在咸丰、同治年间，官府特地下告示，声称对冒同仁堂之名开办药店者一律治罪。也确实有药店因此事被查封，店主被游街示众三天。在没有经济法的旧时代，官府为一家商店如此兴师动众，可以说是十分少见的。

    同仁堂的第十代传人乐印川在咸丰年间还捐了四品衔的候补道，后来又捐得从二品典封，任军机引见，受赏顶戴花翎，使同仁堂官商的地位更加牢固。为了获得社会舆论的赞誉，同仁堂十分注重开展各种公关活动，树立乐善好施的企业文化形象。例如每当京城会试期间，同仁堂总要向应考举子赠送四季应时药品，这些举子考中后做了大官，自然少不了照顾同仁堂的买卖，或为同仁堂提供特权，或为同仁堂介绍主顾。北京城里许多王府把记帐本留在同仁堂，由同仁堂负责向府内供应中药，到年底结帐。每年冬天，同仁堂都要开办粥厂，使那些饥寒交迫的贫民勉强能够糊口。此外同仁堂还要施舍棉衣给那些衣不蔽体的穷人。每年夏天同仁堂则向穷人发放一些治疗预防中暑的药。同仁堂举办的这些慈善事业，是从药店经营的利润中提取的，据说能占到利润的三分之一。尽管这些举措并不能从根本上改变穷人的生活状况，但是这种疏财济贫的义举毕竟是值得称道的。

    1900年八国联军人侵北京期间，大栅栏地区的一场大火将同仁堂铺面的前庭烧毁，家具和珍贵的医书也被烧毁，一些侵略军官兵常到店中骚扰勒索，使同仁堂的损失很大，后来经乐印川妻子许氏的努力，使同仁堂逐渐得到恢复。

    1907年许氏病逝后，同仁堂由乐印川的四个儿子共管，同仁堂的职工也分为四派，实行寄卖制与四派之间的矛盾使同仁堂的经营管理逐步陷于混乱。后来经四人商量，决定各人在外边自立门户，可以用“乐家老铺”的招牌，但不能用“同仁堂”的字号。于是，乐家人开设的分号遍布全国，像乐仁堂、沛仁堂、济仁堂、达仁堂、宏济堂、颐龄堂，最后竟达3O多家，自相竞争的结果，使同仁堂老店的经营状况越发艰难。

    北京沦陷期间，日本商人也想染指同仁堂。他们派人向乐家提出入股的要求，乐家人花了很多钱找权贵疏通，总算躲过了一场灾祸。抗战胜利后，元气尚未恢复，同仁堂又在金圆券急剧贬值的风波中损失惨重。库存的珍贵药材亏损殆尽，无力支付职工工资。直到新中国成立后，同仁堂才获得新生，药店翻修一新，拥有三家药厂，成为北京最大的中药店，全国四大药店之一。同仁堂的中成药远销到东南亚等十几个国家，享有很高的声誉。