地质学在一般考古学上的应用，主要是对岩石和矿物的鉴定。旧石器时代和新石器时代的大量石器，以及各个时代的许多石制品，其中包括宝石、半宝石等非金属矿物,都可用岩石切片的方法,用显微镜加以鉴定。这不仅能确认岩石和矿物的性质，而且可以推定它们的产地。

　　植物学在考古学上的应用相当广泛。在一般的遗址和墓葬中，最容易遇到的植物遗存是木材、纤维和种子，后者包括谷粒、果核和瓜菜籽等。通过对木材的鉴定，可以了解各种木器的材质，进而推定它们的制法和效用。通过对纤维的鉴定，可以了解纺织品的质料，进而探讨农业和纺织业的情形。通过对种子的鉴定，则可以了解农作物的品类，进而论证农业的发展水平和居民的生活条件。

　　植物学在考古学上的应用，还充分表现在孢子花粉的分析研究上。孢子花粉具有个体小、重量轻、质地坚、产量大、易于飞扬等特点，所以普遍在各处遗址的地层中大量存在，可采集并加以分析。通过对孢子花粉的鉴定,可以推断当时植物的种类;对各种孢子花粉的数量进行统计，可以了解当时的植被面貌。由于一定的植物种类要求一定的生态环境，所以通过对植被面貌的研究又可以进而推断当时的地理和气候等自然环境。例如，发现睡莲之类的水生植物的花粉，就说明当时附近有湖沼；发现大量云杉、冷杉之类的耐寒树木的花粉，则说明当时当地的气候寒湿等。随着时间的推移，植物界总是不断地由低级往高级、由简单到复杂而演变。因此，从不同地层中发现不同种类和不同组合的孢子花粉，还可以帮助考古工作者对地层层位的划分和核对。

　　不论是史前考古学，还是历史考古学，与动物学的关系都十分密切。从旧石器时代遗址发掘出来的动物骨骸,全属野生动物。动物群的特征、组合及更替,以及动物群中已绝灭的种类与现今仍生存的种类之间的比例统计，都有助于确定遗址的相对年代、划