雍正对年羹尧的惩处是分步进行的。第一步是在雍正二年（1724年）十一月年羹尧陛见离京前后，第二步是给有关官员打招呼，雍正或叫他们警惕、疏远和摆脱年羹尧，或叫他们揭发年羹尧的劣迹，为处罚年羹尧做准备。第三步将年羹尧调离西安老巢。雍正先将年羹
尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，署四川提督纳泰调回京，使其不能任所作乱。雍正三年（1725年）四月，解除年羹尧川陕总督职，命他交出抚远大将军印，调任杭州将军。最后一步是勒令年羹尧自裁。

　　年羹尧调职后，内外官员更加看清形势，纷纷揭发其罪状。雍正以俯从群臣所请为名，尽削年羹尧官职，于当年九月下令捕拿年羹尧押送北京会审。十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羹尧开列92款大罪，请求立正典刑。

　　雍正说，这92款中应服极刑及立斩的就有30多条，但念年羹尧青海战功，格外开恩，赐他狱中自裁。年羹尧父兄族中任官者俱革职，嫡亲子孙发遣边地充军，家产抄没入官。咤叱一世的年大将军以身败名裂、家破人亡告终。