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五年(1479)在久已入居沙州的罕东卫北支设立罕东左卫。其时土鲁番已日益强大,屡占哈密,并侵迫罕东左卫。正德中土鲁番再占哈密。罕东左卫、赤斤蒙古卫不能自存，部分内迁于肃州（今甘肃酒泉）界内。此时，蒙古亦不 □、阿尔秃厮部进入青海一带，安定、曲先、罕东等卫部众也先后散亡。
四川西部、青海、西藏一带的藏族地区，洪武二年平定陕西后即遣使招抚，至宣德间先后设置乌思藏（今西藏大部）、朵甘卫（今西藏东部、青海大部、四川西部）二都司及俺不罗（今西藏浪卡子）、牛儿宗寨（今西藏拉萨西南）、领司奔寨（今西藏仁布）等行都司,陇答（今西藏贡觉、昌都一带）、上邛部（今西藏丁青）、陇卜（今青海玉树北）、必里（今黄河河源一带）、毕力术江（今青海玉树附近）等卫,另有宣慰司三、招讨司六、千户所十七及袭元朝旧制的俄力思军民元帅府（今西藏阿里地区、拉达克）和若干万户府。洪武时还曾一度在河州（治今甘肃临夏东北）置西安行都卫（旋改为行都司）,以兼辖乌思藏王、朵甘卫二都司。永乐时,又封当地僧侣领袖为赞善、护教、阐教、阐化、辅教等五王。五王各有封地，与都司等不相辖属（见西藏八王）。明代颁发的“朵甘卫都指挥使司”印章及永乐年间乌思藏卫都指挥司指挥佥事的封诰等，至今尚存，为明朝在这一地区设立军政机构的有力佐证。
此外，在西南的四川、云南等地，有部分卫所也由土官担任各级职务,性质与羁縻卫所略同,但上隶于都司、行都司。当地的军政机构以土司及土府州县为主，这些卫所一般被视为土司的一部分。
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