到明成祖朱棣统治时期，内阁及其大学士的实际职权便已发生明显的实质性变化。朱棣采取一种渐进的过渡形式以修正其父手订的中央辅政体制。他在篡位胜利之后，立即在全国范围内精选了解缙、胡广、杨荣、杨士奇、胡俨、金幼孜、黄淮等七位年轻有才能的士人进入内阁，并对他们放手重用，在诸如有关和战、立储、用人、征调或蠲免赋役等重大军国政务上，都征求他们的意见，有意识地吸收他们参与论议国家的核心机密。终朱棣当政的永乐时期22年，内阁学士的品秩仍然是不高的，一直都不过是正五品的官阶，但实际上，他们经常能参与对重大政务的研讨，甚至对于六部的要政，也可以在御前进行更高层次的审议，以供皇帝参考。

　　到了洪熙（明仁宗朱高炽）、宣德（明宣宗朱瞻基）以后，情况发生了进一步的变化，内阁的地位和作用又有了进一步的提高。因为朱高炽和朱瞻基登位时，朱棣时期任用的内阁大学士如杨荣、杨士奇、杨溥等人都还在位，以前朝旧臣元老的地位和熟谙政务的身份辅政，年幼的皇帝不能不把很多政务交给内阁办理，内阁的权力就逐渐加重。及至正统（明英宗朱祁镇）以后的历届皇帝，差不多都是荒怠懒惰或宠信宦官的人，有人20余年不上朝办事，国家的日常事务更只能推给内阁办理。本来规定，内阁只能承旨办事，内阁大学士不过是备顾问的辅助人员，但事实上，他们逐渐担任了代替皇帝草拟诏令敕浩的工作，还负责起草批复奏章的“票拟”任务；本来规定，六部及其他国家机关均由皇帝直接领导，内阁大学士的品级和权力均远较六部尚卡低（原来规定内阁大学士为正五品官，尚书为正二品官），各单位有事不得关白内阁，但后期的大学士有些兼任尚书之职，有些还享有太保、太傅、少保、少傅等崇高-称号，官阶又更定为正一品，六部尚书有事只好请示内阁大学士，又演变为实际上是内阁属吏的状况，基本上恢复了中书省统率六部的办法。在内阁大学士中又按地位高低顺序，分为首辅、次辅、群输，首辅“偃然汉唐宰辅，特不居丞相名耳”。在这种情况下，便相继出现了像夏言、严嵩、徐阶、高拱、张居正这样的“权相”。朱元璋关于永废丞相的规定事实上被完全破坏了。