同年二三月间，清政府调遣云贵总督福康安、四川总督和琳、湖广总督福宁率领七省兵力十余万人，分路镇压。起义军以“敌有万兵，我有万山，其来我去，其去我来”的战术，四处出击。吴八月在乾州狗拜岩战役中，歼灭福宁所率六千余人，福宁仅以身免。吴半生在凤凰厅大鸟巢河一带，阻击福康安达半年之久。八月，聚集在平陇的起义军推吴八月为苗王，石柳邓、石三保为将军。清政府为摆脱困境，采用剿抚并用的措施。九月，吴半生被奸细俘获。十二月，吴八月因叛徒出卖被俘。嘉庆元年(1796)六月，石三保又被叛徒诱至坳溪被俘。由于起义领袖相继遇害，起义军开始失利。九月，清政府委任额勒登保代替先后病死军中的福康安与和琳为统帅，调集重兵围攻起义军，至十二月，起义军的最后据点石隆寨失陷，石柳邓战死于贵鱼坡，起义失败。

咸同时期苗民起义咸丰五年(1855)，贵州苗族农民在太平天国起义的影响下，由苗族农民领袖张秀眉领导，又爆发了大规模反清起义。张秀眉、包大度等人，在台拱掌梅里聚会盟誓，相约于三月十五日攻打台拱厅城，杀死州吏，由此发动了武装起义。起义军攻占了黔东南大部分汛堡，又经过三年转战，先后攻克凯里、施秉、清江、台拱、黄平以及古州、都匀等府厅州县城。咸丰七年二月，大败清军于都匀附近的丁家堡，迫使贵州提督孝顺-。翌年，张秀眉领导的起义军控制了黔东南苗族聚居的大部分地区，并设立官职，收回屯田，没收地主土地分给农民耕种。在此期间，贵定苗族农民在潘名杰兄弟领导下也揭竿而起，多次进攻龙里、贵定、贵阳等城镇，不断打击清军。九年八月，起义军攻克瓮安县城，十年一月，攻占平越州(今福泉)。同年，黔西北苗族农民在陶新春领导下，以赫章、毕节及云南镇雄三县交界处为根据地，配合太平天国曾广依部进攻大定府城，并包围毕节县城。同治二年(1863)，岩大五与贵定苗族起义军以及太平军合围贵阳，不克。岩大五率部向安顺、大定两府地区进军，并以此为中心与清军交战。太平天国失败后，清政府乃集中兵力镇压起义。同治五年湖南巡抚李瀚章派兆琛、李元度等率湘军两万人入黔，包大度、九大白等率众抵抗。清政府改派席宝田代替围剿不利的兆琛。此后，苗族农民起义转入艰苦斗争时期。七年，清政府集中湘川黔三省兵力，由席宝田、唐炯、张文德分率三路围攻起义军。十一年夏，九大白、包大度、陶新春等起义领袖先后牺牲，张秀眉、岩大五、高禾、杨大六等相继被俘。至此，坚持十八年的贵州苗民起义宣告失败。