六月回天京。八月奉命去湖北一带，稽查河道，密拿奸宄。日纲行抵九江，闻清军已陷武、汉、守将石凤魁、黄再兴退到田家镇。日纲立下诫谕，痛责石凤魁、黄再兴失机，命带部队驻扎田家镇候调度，一面禀奏杨秀清。日纲处置与杨秀清相合，禀奏未到，即有旨命解石凤魁、黄再兴回天京，而以田家镇大营军务委日纲督理。田家镇在湖北蕲州东南四十里，广济县南五十里的长江北岸，与兴国州的半壁山隔对峙，南扼九江，东控安庆，太平天国在这里建为上游江防要塞。自蕲州至田家镇沿岸增筑土城，安设炮位。自田家镇至半壁山，用铁锁横截江面，以遏敌军水师。十月十八日（ 夏历十月初四日），日纲指挥军队与敌陆军在半壁山大战，先胜后败，退回田家镇，半壁山下横江铁锁被斫断。明日，渡江再战，石镇仑、韦以德都战死，半壁山失陷。太平天国安置江防铁锁的方法与三国时吴国不同。吴国在两岸凿石穿铁，江中无物提承，故一处熔断，就「千寻铁锁沉江底」了。太平天国则节节用小船提承，江中还横列大簰三个作总提承，船簰的头尾都用大锚钩於江底，铁锁四道，横在船簰之上，用铁码钤住，故南岸虽被斫断一节，而其他几十节仍牢系如故。二十日（夏历十月初六日）后，复将南岸一节续行钩联在半壁山下簰上，安炮船二，布置枪队，以防敌水师进攻。簰上铺沙，船中贮水，以防敌火弹延烧。在铁锁的上游，卫以战船三、四十号，在铁锁的下流，停泊军运船只大小约五千馀号，也时放枪炮以助声威。其北岸则以田家镇街外筑一土城，长约二里，街尾为吴王庙，建筑营垒一座，系铁锁於北岸之根，日纲亲驻其中指挥。街之上为老鼠山，建筑营垒一座，又上为磨盘山，建筑营垒一座，又上为牛肝矶，建筑炮台一座 。自牛肝矶至吴王庙长约六、七里，都密排炮眼，以向江心轰击。要塞设防，布置是异常严密的。只因水师未建立，而敌则水师精练，江上作战，取决於水师，故势不能敌。廿七日（夏历十月十三日），敌水师悉锐来犯，第一队专断铁锁，用炭炉铁剪大斧熔断铁锁，第二队专攻炮船，掩护头队，第三队候铁锁开后，直闯下游，放火烧军运船只，防江铁锁为所破。至夜四更，日纲率各军退守黄梅县城及九江对岸小池口等处，指挥罗大纲、林启容、陈玉成等将领分扼要隘，敌人不得进。既而石达开统率援军到，明年正月，遂在九江大败敌水师，克复武、汉。

　　论失守半壁山、田家镇罪，革去日纲王 爵，改为顶天燕。至乙荣五年八月十七日，杨秀清假托「天父因秦日纲革职之后，尚知愧厉，亦既除却奴名，即可复还原职」，爰於这天早上降托梦诏给他，「恩复秦日纲原职」。

　　丙辰六年二月，镇江被围急，日纲奉命率丞相陈玉成、李秀成、涂镇兴、陈仕章、周胜坤诸军去救。二月十一夜（夏历二月十二夜），打破清朝封锁，与镇江守军会合。二十六夜（夏历二月十七夜），日纲率军渡过瓜洲。第二天黎明，进攻土桥，打破清军钦差大臣托明阿马营，连破虹桥、朴树湾、三汊河清营，清军大败，大小清营一百二十多座 都闻风而逃。二十九日（夏历三月初一日），大军进入杨州。这是太平天国第二次克复扬州。因为当时正要运用兵力来解决清朝江南大营及用兵赣、鄂，所以进入扬州征购当地粮食运回镇江后，就在三月十一日（夏历三月十三日）撤退，留兵守瓜洲，作镇江屏蔽，以牵掣江北清军。