甲寅四年二月，升卫国侯。三月，玉昆因秉公执法，不肯曲循杨秀清的同庚叔私意，法外加杖燕王府牧马某甲事，被杨秀清重杖三百，革去侯爵，降为伍卒，事说杨秀清传。经石达开向杨秀清求情，得入翼王府襄理文书。 八月复职，改封衙天侯，仍司天朝刑部事务。

　　乙荣五年夏，任为提督军务，出镇汉阳。这年冬，领军随石达开经略江西。十一月十二、十三日（夏历十一月初十、十一日），大军分路攻克瑞州、临江两郡。玉昆驻军临江郡，铸炮造船，以图南昌。当年玉昆监铸的大炮，今天还保存有一尊三百斤重的铁炮。丙辰六年三月，石达开奉命归天京攻江南大营，以玉昆代主持江西军务。丁巳七年十月十六日（夏历十月初八日），在救吉安郡战役中牺牲。

　　庚申十年，太平天国论平在山勋旧，追封玉崑为义爵。