就当时双方力量对比而言，多尔衮过高地估计了自己的实力。由于他双管齐下，本来不多的兵力却分兵作战，兵分则势弱，容易被分别吃掉；况且此举很容易引起汉民族的同仇敌忾，使他们暂释前嫌，有可能携手作战。就在这年十月，大顺农民军二万余人进攻河南怀庆，获得大胜。败报传来，给多尔衮猛然敲了警钟。他立即令多铎暂停南下，由山东入河南，与北面的阿济格军对陕西形成前后夹击之势。历史的偶然性再一次救了多尔衮，使他得以在战略上改变两个拳头打人的方针，而集中优势兵力，各个击彼　　。很快，多铎于十二月底破潼关，李自成放弃西安转移。多尔衮下令由阿济格追击农民军余部，而多铎则继续南下。至顺治二年（1645）二月，农民军连战失利，五月，李自成牺牲于湖北通山之九宫山。这时多铎军已克扬州，史可法殉难。接着，清军渡长江，南京不战而克，朱由崧被俘，弘光政权灭亡。

　　这一连串的胜利不禁使多尔衮喜出望外，他以为天下就此平定，江山已归一统。五月底，他已对大学士们表示要重行剃发之制，六月初，正式向全国发布剃发令。这好像是一根导火索，一下点燃了各地的抗清烽火。本来清军南下就打破了南明官绅“联清抗闯”的迷梦，鲁王政权、唐王政权已纷纷建立起来，这一下则更激化了民族矛盾，使各阶级各阶层的汉族人民纷纷起来抗争，其愤怒的情绪，如火山爆发，正如一首诗写道：“满洲衣帽满洲头，满面威风满面羞。满限于戈满眼泪，满腔忠愤满腔愁。”　　鲁王朱以海政权曾在十月给清军以重创，被时人评论为“真三十年来未有之事”　　。唐王朱幸键政权也颇想有所作为，在仙霞岭一线设防备战　　，但终因这两个政权的腐朽，内讧不断，而被清军各个击破。

　　抗清力量的主体是李自成、张献忠农民军的余部和自发起义的广大人民。大顺农民军余部李过、高一功、郝摇旗等与南明何腾蛟、堵胤锡部联合抗清，在湖南等地连获大捷。张献忠牺牲后，大西农民军在李定国等人率领下，与永历政权联合，也接连掀起抗清高潮。其他如山东榆园军、山西吕梁山义军等亦在北方暴动，搞得多尔衮防不胜防。根据《清世祖实录》的不完全统计，从顺治二年七月起到五年七月止的三年中，关于反清斗争及清兵攻击农民军的记录就达一百二十条左右，而官书未载的小规模斗争更是不计其数。此外，还有明降将金声桓、李成栋、姜瓖等人各怀着不同的目的在江西、广东和山西宣告反清，也使多尔衮一时手忙脚乱。虽然各地起义由于各种各样的原因先后为清军镇压下去，但直到多尔衮离开人世，他也没能看到一个他所希望的“太平”天下。尽管多尔衮在战争中充分显示了他的军事才能，但由于他制定的某些政策失当，而引起连年战乱，并招致-、经济等一系列社会恶果。