皇太极在参加作战和协助努尔哈赤治理国家的过程中逐渐显露了头角。据文献所载，皇太极早期较大的军事行动，是对乌拉作战。时间是万历四十年，皇太极二十岁。那时努尔哈赤正在统一扈伦四部，已灭哈达、辉发两部，还有乌拉和叶赫部。乌拉首领布占泰被努尔哈赤擒获以后放回去，背弃盟好，掠东海窝集部的呼尔哈部，并公然要娶努尔哈赤已下了聘礼的叶赫“老女”，还以骲箭射已嫁他的努尔哈赤侄女，实际这都是阻止和对抗努尔哈赤实现统一。于是努尔哈赤决定发兵征乌拉。皇太极就在这时随军出征。九月二十二日大军起程，二十九日抵乌拉部，与乌拉兵相峙三天。努尔哈赤所部四出焚毁粮草，乌拉兵白天出城对垒，夜里入城固守。皇太极与其兄莽古尔泰急不可耐，想立即过河进攻。努尔哈赤对他们说，“用兵不能像你们想的那样简单，好比砍伐大树，怎么能一下子砍断？必须用斧子一下一下去砍，渐渐折断。相同的大国，势均力敌，要一举将其灭亡，怎么可能办到？应当把它附属的城郭一个一个攻取，一直攻下去。没有阿哈，额真怎么能生存？没有诸申，贝勒怎么能生存？”在努尔哈赤的指挥下，他们毁掉了乌拉的一些城寨，而“伐大树”之说，对皇太极后来与明朝作战产生了深远的影响。第二年，乌拉被灭。

　　在逐步完成统一女真各部的基础上，皇太极帮助他父亲努尔哈赤建立了新的后金国家。努尔哈赤一度想立长子褚英为储， 但是褚英背着努尔哈赤做了很多违反其愿望的事，甚至逼迫皇太极等也跟他一起行动。皇太极等向努尔哈赤揭发了褚英的阴谋，万历四十一年努尔哈赤将褚英幽禁，两年后又毅然处死了他。从此皇太极进一步得到了信赖。万历二十九年努尔哈赤始建黄、白、红、蓝四旗，万历四十三年合正黄、正白、正红、正蓝并加镶黄、镶白、镶红、镶蓝，正式完成了军政合一的八旗建制。皇太极被任命为管正白旗的贝勒。

　　万历四十四年（1616）正月初一日，当新年来到的时候，皇太极同诸兄弟们为努尔哈赤举行了庄严而热烈的仪式，上尊号“覆育列国英明汗”，建国称金，也叫大金或后金，年号天命③。现辽宁新宾县老城村为当时的都城赫图阿拉，迄今还有“尊号台”的遗址，俗称“金銮殿”。从此在东北大地诞生了一个和明朝对立的国家政权。