在崇德初年皇太极第二次征朝鲜的战争中，鳌拜显示出他勇猛无畏的性格，并从此获得了“巴图鲁”（勇士）的称号。就在攻下朝鲜京城之后，皇太极派硕托、孔有德、耿仲明、尚可喜等率军攻打皮岛。皮岛在鸭绿江口外，距朝鲜本土及中国大陆都很近，是一个战略要地，明将毛文龙曾据守此岛，使皇太极经常感受到威胁，因而对它十分重视，认为“此岛可比大城”。但硕托等进攻不利，皇太极又派阿济格前去增援。渡海之前，鳌拜向阿济格表示：“我等若不得此岛，必不来见王面！”于是他大呼奋力而上，“冒矢石直前搏战”，然后举人为号，引来后续部队，攻下了皮岛。皇太极对鳌拜的表现十分高兴，提升他为三等梅勒章京，赐号“巴图鲁”，加世袭六次，准再袭十二次。

　　以后，鳌拜在松锦之战以及入关后统一全国的战争中屡立战功。崇德六年初围困锦州及攻克锦州外城时，鳌拜先后率护军击败明朝杏山、松山援军，并徒步攻克明军的步军营，因而从三等梅勒章京升为一等梅勒章京，准再袭十次。崇德六年八月，松山明军突围，被鳌拜率部击退。接着，鳌拜又迫击吴三桂、唐通、白广恩等明军各部，获得大胜。于是，崇德七年（1642）六月，鳌拜又升为护军统领，即巴牙喇纛章京，实际相当于都统，即固山额真之职，成为八旗将领中具有较高地位的人物。

　　皇太极取得松锦大捷后，奠定了入关夺取全国统治权的基础。这年底，他派阿巴泰率兵入关，经河北直趋山东，杀掉明鲁王，掳获大批人口牲畜。鳌拜也随军作战，他曾在北京和山东三败明军，攻克四城，在密云附近大败范志完和吴三桂的军队。他以此次战功，再次被提升为二等昂邦章京。顺治二年（1645），清朝为夺取全国政权叙功时，鳌拜一跃而成为一等昂邦章京。此后，鳌拜便加入了阿济格进攻李自成的军队，直下湖广一带。顺治三年正月，鳌拜随肃王豪格等率军进攻张献忠大西农民军。在汉中打败贺珍以后，得知张献忠率军已到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率先头部队前往狙击，结果两军相遇，“鳌拜等奋击，大破之，斩献忠于阵”。打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入四川、贵州等地，屠杀农民政权的大小官员一千多人，基本上消灭了四川一带的农民军。

　　入关前后的鳌拜，战功赫赫，升迁频频，似乎一帆风顺。但是，这次鳌拜镇压农民军却不但没有获得升官的机会，反而因为一些微不足道的小事页被借口“停其赏赉”，还险些丢掉了性命。其根本原因就在于，他作为两黄旗的中坚力量，在满洲贵族的内部争斗之中，采取了反对与之抗衡的白旗势力的立场，这就必然遭到当时身为摄政王的多尔衮的打击。

　　崇德八年（1643）八月，皇太极突然死去，由谁来继承皇位便成为满洲贵族面临的头等大事。但是，皇太极生前对于继承人并未作出安排，所以他之死便引起“诸王兄弟，相争为乱，窥伺神器”。当时势力最大、地位最高、最有资格继统者有三人：一是两黄旗系统的、皇太极的长子豪格：一是两白旗系统的、皇太极的弟弟睿亲王多尔衮；一是两红旗系统的、皇太极的哥哥礼亲王代善，其中尤以前两者的争夺最为激烈。顺治五年三月，贝子吞齐等讦告济尔哈朗罪行时曾提到：“当国忧时，图尔格、索尼、图赖、锡翰、巩阿岱、鳌拜、谭泰、塔瞻八人往肃王家中，言欲立肃主为君，以上为太子，私相计议。……肃王使何洛会、扬善谓郑王云：‘两旗大臣已定立我为君，尚须尔议’。”说明肃王豪格确是皇位的有力竞争者之一，而鳌拜等是其坚决的支持者。在顺治九年审讯多尔衮余党时也提到，“皇上即位时，英王、豫王跪劝睿王当即大位说：‘汝不即位，莫非畏两黄旗大臣乎？……我等亲戚咸愿王即大位也。’是以睿王于众人前亦述此言。”可见当时不仅多尔衮是争位的另一有力候选者，而且也表明两白旗与两黄旗在继位问题上针锋相对，互为寇仇。