在奏折的内容上，较之以前，更为丰富了，最重要的是他们利用它商讨政务。雍正帝说：“本章所不能尽者，则奏折可以详陈；而朕谕旨所不能尽者，亦可于奏折中详悉批示，以定行止”　　。臣下可以将拿不准的问题提出来，请皇帝裁夺；皇帝对不了解的或不懂得的问题，可以询问臣下，以增长见识，作出决断。雍正朝的许多重大政事，如前述的摊丁入亩政策，就是在雍正帝与黄炳、李维钧等疆吏、中央九卿间通过奏折反复筹商而最后定下来的。奏折被用来讨论政事、决定政策，就使宫有了新的生命力。这也是康熙朝所没有的。

　　自雍正帝把奏折制度化以后，地方官有机要事务都撰拟奏折，经过皇帝朱批，认可了，才写题本作正式报告。这样题本就成了官样文章，价值大大降低。奏折代替了原来题本的作用。官员上奏折的也越来越多，使它成为主要的官方文书。这一制度坚持到清末。

　　再次，设立军机处。雍正五年，准备对准噶尔部用兵，七年正式出兵。与此相配合，雍正帝设立军机处，协助他处理军务。军机处设有军机大臣，雍正帝从大学士、尚书、侍郎以及亲贵中指定充任，如怡亲王允祥、大学士张廷玉、户部尚书蒋廷锡、大学士鄂尔泰等，都是以亲重大臣兼任军机大臣。还有军机章京，由内阁、翰林院、六部、理藩院等衙门官员中选充。所有这些人都是兼职，他们的升转仍在原衙门进行。因此，军机处设立之初，“无专官”　　。军机处没有正式衙署，有值班房，在隆宗门内，靠近雍正帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事。无专官，无衙署，就使军机处成为一种特殊的机构。

　　军机处的主要职责是，遵奉谕旨，写成文字，并子转发。雍正帝每天召见军机大臣，有时一天召见数次，像在西北用兵紧张之时，张廷玉“内直自朝至暮”，“间有待至一二鼓”　　，以备随时应召。召见时，雍正帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决。军机大臣根据旨意，草拟文书。上谕形成后，不经过内阁，由军机处直接发给有关官员。

　　军机处主要是作文字工作，雍正朝的军机大臣，不过是传旨办事，对制定政策起的作用不大，乾隆时当过军机章京的赵翼说，军机大臣“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”　　。这就是说，军机处不过是皇帝的秘书班子，它只能忠实执行皇帝的命令，不可能形成危害皇权的势力。

　　雍正帝创立军机处，把它和奏折制度相结合，即以朱批谕旨答复臣下奏折，召见军机大臣授以政事机宜，天下庶务总归他一人处理。明太祖朱元璋罢丞相升六部，使“天下庶务皆朝廷总之”，他一人处置不过来，就指定当时还是低级官员的大学士协助处理，但那时内阁制度还没有形成，大学士帮不了他的忙。雍正帝不同，设立军机处，就有了固定助手，可以及时处理政事了，所以他的权力比明太祖还要集中，他以前的其他帝王的权力更没法与他相比，他是真正集权力于一身，总理天下庶务了。