噶尔丹吞并喀尔喀三部，破坏了清朝多民族国家的统一和领土完整，给广大的蒙古牧民制造了深重的灾难。准军的铁蹄所到之处，草原上鲜血遍地，一片恐怖景象。

　　面对噶尔丹的侵扰，康熙帝迅速作出决策：首先安顿溃逃的喀尔喀部民，命尚书阿尔尼等调拨归化城、独石与张家口两处仓储粮食，赐给茶、布、牲畜十余万，进行紧急救济。其次，他指令科尔沁划出部份水草地，暂供其游牧。他向噶尔丹发出通告，令其率众西撤，归还侵地。康熙帝召见在京的沙俄使臣，严正警告沙俄，支持噶尔丹，即有意要“开兵端”！但是，无论噶尔丹，还是沙俄，都拒不接受康熙帝的警告。更为甚者，噶尔丹还以追喀尔喀为名，侵入乌尔会河一带。康熙二十九年，噶尔丹率军二万，一直深入到距京师仅七百里的乌兰布通。

　　噶尔丹“其志不在小”，己暴露出窥视中原之意。同年六月，康熙帝下诏亲征，以裕亲王福全为抚远大将军，率左翼军出古北口；以恭亲王常宁为安北大将军，率右翼军出喜峰口。当噶尔丹深入到乌兰布通时，康熙帝命右翼停止进兵，改命康亲王杰书等屯归化城，截其归路。八月一日，清军与准军在乌兰布通展开决战，激战一整天，大破准军数万人。噶尔丹卑词乞和，康熙帝不允，命令“速进兵，毋堕贼计。”果然，噶尔丹不等答复，连夜北逃，清兵追赶不及。八月下旬，清军振旅班师。

　　康熙帝趁噶尔丹败逃之际，加紧整顿喀尔喀各部，巩固清政府对它的管辖，以便孤立噶尔丹。康熙三十年，康熙帝决定在上都多伦诺尔举行会盟，传知喀尔喀各部及漠南蒙古四十九旗王公贵族齐聚会盟之地。在这里，康熙帝连续举行召见、宴会、会盟、阅兵、赏赐、裁决是非等庄严的仪式和步骤，显示了清朝作为中央政府的绝对权威。康熙帝宣布：将喀尔喀各部与内蒙古四十九旗一例编设，共分三十四旗，“其号亦与四十九旗同”　　。康熙帝以此会盟的形式，恩威并施，迅速地安定了喀尔喀，并从体制上调正和明确了它的内部关系，也增强了同噶尔丹的斗争力量。

　　五月六日，会盟结束，康熙帝回到北京。

　　噶尔丹自乌兰布通战败逃跑后，仍在谋划卷土重来。他派人去莫斯科求救。沙皇答应：“至青草出后，助鸟-一千及车装大炮，发至克鲁伦东方界上。”　　康熙帝仍在争取噶尔丹，康熙三十三年，约其来会盟，遭到拒绝，派去的使臣也被杀害。康熙帝知噶尔丹毫无悔改之意，便略施一计：密令科尔沁土谢图亲王等伪降噶尔丹，答应为内应，夹攻清军，以此引诱其出动。噶尔丹果然上当，清军以逸待劳，一举歼灭之。次年（康熙三十四年），噶尔丹果然亲率三万骑兵，沿克鲁伦河而下，进至巴颜乌兰屯驻。康熙三十五年春，康熙帝再次统帅八旗劲旅出征。兵分三路，康熙帝自将中路，开赴瀚海以北，约期夹攻。行军七十余日，士马馁困。康熙帝与将吏“同其菲菜，日惟一餐，恒饮浊水，甘受劳苦”　　。途中传夹沙俄助兵的消息，有的将吏提出暂缓进军，大学士伊桑阿等力主请回师。康熙帝很生气，说：“朕祭告天地宗庙出征，不见贼而返，何以对天下？且大军退，则贼尽锐往西路，西路军不其殆乎？”挥军疾趋克鲁伦河，康熙帝“手绘阵图，指示方略”　　。噶尔丹闻讯，登山遥望清军军容甚盛，见有御营黄幄龙纛，知道康熙帝亲征，顿时丧胆，急令拔营逃循。次日，清军赶到克鲁伦河，对岸已不见一帐。康熙帝亲率前锋追赶三天，至拖诺山，也没追上叛军，便下今回师。