台湾岛与大陆的联系一向非常密切，在明代已有不少大陆人移居台湾，从嘉靖开始，大陆的“海寇”林道乾、颜思齐、郑芝龙（郑成功之父）等先后在台湾建立了自己的政权。明朝虽然没有在岛上设立行政区，但明军在追剿“海寇”时不止一次进入台湾，并一直将台湾及附近海面列为军事防区。荷兰人第二次被从澎湖驱逐后，就转入台湾，侵占了台南一带。1626年（明天启六年），西班牙人侵占了台北一带。当时，郑芝龙在台湾中部的北港一带建有政权，本地的部族大多由自己的首领治理。1642年（明崇祯十五年），趁郑芝龙的活动转向大陆之机，荷兰侵略者独占了台湾。1661年（清顺治十八年），郑成功在大陆抗清不利，决定改以台湾为基地，因此从厦门出兵，驱逐荷兰侵略者。次年初，荷兰侵略者投降后退出，郑成功与子郑经在台湾和澎湖设置了三个安抚司和下属的府、州，建立了继续忠于明朝的地方政权，直到1683年（清康熙二十二年）。