雍正六年（公元1728年），清朝在西藏设置了驻藏办事大臣衙门，统率驻藏官兵，督导地方行政。乾隆十六年（公元1751年），设立西藏地方政府——噶厦，规定凡重大行政事务及藏官的任免、藏军的调动等均应由噶厦请示达赖和驻藏大臣办理。在乾隆五十七年击退入侵西藏的廓尔喀军后，又在次年制定了《藏内善后章程》，确定了驻藏大臣的地位及其全面督导藏内事务和统一处理涉外事宜的职权，规定达赖、班禅及各地格鲁派大活佛转世时用金瓶掣签（将最后的候选人名字放在一个金瓶中抽签决定）的办法，并必须受大臣监督，自噶伦（噶厦的最高长官）以下的僧俗官员必须由大臣任免。《藏内善后章程》对西藏的官制、军制、司法、财政、边防、差役及对外事宜等都作了明确的规定。