清朝全盛时的疆域分为25个一级政区和内蒙古盟旗：内地十八省，下辖府、州、县、厅，西南几省还保留一些土司土官；盛京、吉林、黑龙江、伊犁、乌里雅苏台（外蒙古）五个将军辖区，或以驻防机构兼理民政，或同时设有民政机构，或保留一些类似土司的当地世袭首领；内蒙古六盟、西套蒙古和察哈尔，下设盟旗，与外蒙古相同，但由中央的理藩院直辖；西宁办事大臣，下辖厄鲁特二十九旗和玉树等四十族土司，前者用蒙古盟旗制，后者用西南土司制；西藏办事大臣，统辖卫、藏、喀木和阿里四地区的营、城、呼图克图领地、部族及寺院。尽管在有些政区或地区实行一定程度的自治，如驻西藏的办事大臣一般不干预其内部政教合一的制度和事务，土司的土官实行世袭，但涉及国家主权和中央权威的重大问题已经完全由朝廷掌握，如西藏与邻国的关系、军队驻防、宗教领袖的继承、内部叛乱的镇压等必须由大臣处理或者上报朝廷决定。这样的统一范围和程度是以往任何朝代从来没有达到过的。