根据乾隆帝的历次指示，在两书纂修的过程中，各纂修官分别对各地征集到的每一种书籍的不同版本进行校勘，并就作者、成书时代、内容异同、版本优劣诸方面进行考证，将其校勘、考证成果以另纸粘于该书每卷之末。同时，还仿汉朝刘向校书的旧例为每书撰写一篇提要，内容包括作者的时代爵里、本人事迹以及该书版本、卷次、内容价值等，并以该书的价值为据，拟出应刻、应抄、应存目三种意见，候旨决定。经乾隆皇帝同意后，其中，应刻、应抄两部分书籍皆交缮书处组织人员按已定规格进行抄录，收入《四库全书》，所有应刻、应抄、应存目三部分书籍提要，则均按类例汇为《四库全书总目》。

　　因为纂修的这两部书籍卷帙浩繁，不易翻阅，因而在两书编修正式开始不久，乾隆三十八年五月和乾隆三十九年七月，乾隆帝又分别指示在两书基础上另编《四库全书荟要》、《四库全书简明目录》两书。前者为《四库全书》“撷其精华”　　，后者则略去《四库全书总目》中的总序、各类小序和存目部分书籍的提要，仅对《四库全书》所收之书各作简单介绍。乾隆四十一年九月，又将收入《四库全书》的各书校勘记录也另行抄出，汇为《四库全书考证》一书，付聚珍板刊刻，以广流传，从而更加丰富了这次文献整理活动的内容。

　　在组织学者对社会全部现存文献进行整理的同时，乾隆帝还极为重视这批文献的收藏和流传。为了达到防火、防潮、防蠹、长期保存图书的目的，四库全书馆开馆不久，即派专人赴宁波了解已有二百多年藏书历史的范氏天一阁的建筑情况，并依其式样在紫禁城、盛京故宫、圆明园、热何避暑山庄等处分别建造了文渊、文溯、文源、文津等内廷四阁。其后不久，又以江浙为人文渊敷之地，在扬州、镇江、杭州等处建立南三阁，续抄三部《四库全书》存储其间，以便文士及研究者“就近观摩誊录”　　。不仅如此，乾隆帝还指示，另抄《四库全书》副本一部，贮于北京翰林院，供愿读中秘书的词馆诸臣和北方文士抄阅。此外，再辟紫禁城御花园后的摛藻堂、圆明园之味腴书屋储放《四库全书荟要》。这些措施，对这一重要文献起到了保存和传播的作用。

　　在乾隆帝的直接领导下，经过全馆人员的共同努力，继乾隆四十三年《四库全书荟要》首先告成后，乾隆四十六年至五十二年，八部《四库全书》亦先后抄写完毕，并陆续入贮各阁。而《四库全书总目》和《四库全书简明目录》等书也在经过反复修改之后由武英殿刊出。总计《四库全书》八部，每部七万九千三百零九卷，分装三万六千三百余册，六千七百五十二函：《四库全书荟要》两部，每部一万九千九百三十卷，分装成一万一千二百余册，两千零一函，分别储存于-中心的华北和文化发达的江浙等地。这就是说，在十几年的时间里，国家藏书量便增加了七十万卷，三十多万册。乾隆帝亲自领导编纂《四库全书》，集中全国优秀人才，投放大量资财，终于告成，这实在是我国古代文化发展史上的空前壮举。