在西藏事件中，雍正帝总把西藏与准噶尔联在一起考虑，他说：“准噶尔事一日不靖，西藏事一日不妥；西藏料理不能妥协，众蒙古心怀疑二。此二处实为国家隐忧，社稷生民优戚系焉。”　　在他看来，西藏和准噶尔对清朝都是至关重要的：准噶尔安宁，西藏则不会生事：西藏不平静，也会引起蒙古的骚动。造成这些关系的因素是喇嘛教，他又说：“蒙古之人，尊信佛教，惟言是从，故欲约束蒙古，则喇嘛之教亦不轻弃”　　。要利用喇嘛教，就不能不注意西藏问题。雍正帝在料理西藏事务时兼及准噶尔问题，具有全局观念，西藏局势稳定，以便他专力对准部用兵。雍正帝千雍正五年筹划对准部战争，准备钱粮，训练士卒，制定作战方案。雍正七年，用岳钟琪为宁远大将军，出西路，傅尔丹为靖边大将军，出北路，进军征伐。但前线连吃败仗，雍正帝囚禁岳钟琪，屡换北路军营将帅。到后来，双方都打不下去了，开始谈判。雍正帝消灭对方的目的没有达到，究其原因，雍正帝、岳钟琪、傅尔丹等轻敌骄满是重要因素。未出师前，雍正帝自称：“选派将领，悉系镇协中优等人才，拣选兵丁，率皆行武中出格精壮，殊非草率从事。”　　其实他的统兵将领就不怎么样，前任抚远大将军、后任绥远将军马尔赛连逃敌都不敢截击。岳钟琪疏言有“十胜”的把握，不过是一些大言、浮言。他出师未战，就遭到敌军突然袭击，其后老师糜饷不能立尺寸功。傅尔丹轻信敌间谍之言，进军中伏，吃了大败仗。主帅这样的思想状况，怎能指挥军队打胜仗。雍正帝频频更易主将，屡换屡不得人，调度乖方，其失败是必然的。

　　改土归流是雍正帝对南疆土司制的一项重大改革。雍正二年，他就深感土司制的弊端与土司的作恶，在给四川等地的督抚上谕中说：“朕闻各处土司鲜知法纪，所属土民，每年科派，较之有司征收正供，不啻倍蓰，甚至取其牛马，夺其子女，生杀任情。土民受其鱼肉，敢怒而不敢言”　　，要求他们加强对土司的管理，但他并没有行之有效的方法，说了也不起作用。到雍正四年九月，管云贵总督事鄂尔泰上奏折，建言改土归流，并拟定了实施方针：“计擒为上策，兵剿为下策。令自投献为上策，勒令投献为下策。”对于投献者，“但收其田赋，稽其户口，仍量予相赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励。”就是说改流的策略，既要用兵，又不专恃武力，争取波及面小，尽量减少阻力，以便迅速实现安定。雍正帝早就欣赏鄂尔泰的才能，按照他的“有治人无治法”的思想，相信鄂尔泰能办好这件事情，所以边看奏折，边批“好”学，最后批道，“朕心中嘉悦，竟至于感矣！有何可谕，勉之！”　　全部批准他的建议，勉励他努力实行。为提高鄂尔泰的威望与事权，实授他云贵总督，又加兵部尚书衔。广西与贵州接壤，改流事务较多，雍正帝特将广西从两广总督属下划出，归鄂尔泰管辖，使他成为云贵广西三省总督。此外还调整了川滇边界不合理的行政区划。西南地方行政的这些改革，为鄂尔泰推行改上归流政策做了组织准备。