从全国政务的角度来看，元代中央行政主要分为四个系统，即管理政务的中书省，管理军事的枢密院，管理监察的御史台，管理宗教和吐善事务的宣政院。这四个系统互不统属，依照自己所管辖的事物的范围，“得自选官”，直接对皇帝负责。

　　中书省是政务的主体，它既承汉代以来宰相“佐天子，理万机”的职权，又有“典领百官，会决庶务”的责任，“凡军国重事，无不由之”，是皇帝以下的最高政务机构。其首席长官中书令不常设，一般由皇太子兼领，而由其次席长官左右丞相来总领省事。其下设平章政事4人，“掌机务，贰丞相，凡军国重事，无不由之”，左右丞，“副宰相裁成庶务，号左右辖”；参政2人，“副宰相以参大政，而其职亚于左右丞”；参议中书省事4人，“典左右司文犊，为六曹之管辖，军国重事咸预决焉”。左右司分管9房48科，料理省中各项文牍工作。省辖吏、户、礼、兵、刑、工六部，分管各种政务。凡与政务有关的寺、监、卫、府事务也无不经由中书省调度。元代曾三次设立尚书省，与中书省分理朝政，但时间长者四年多，短者只有数月。又并入中书省，所以终元之世基本实行的是一省制。

　　枢密院是全国最高军事机关，“掌天下兵甲机密之务。凡官禁宿卫，边庭军翼，征讨戍卒，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之”。枢密院设知院、同知、副枢、全院、同佥、院判、参议等官，分管院内外的军政事务。在中央凡与军政事务有关的寺、院、卫、府，都要接受枢密院的调度安排。

　　御史台是全国最高监察机关，“掌纠察百官善恶、*得失”。总台设大夫、中丞、侍御史、治书侍御史各二人，分管总台和所属各部门的监察事务。御史台中央直属机构有殿中司，主管监察在京的文武百官；察院，“司耳目之寄，任刺举之事”。地方的直属机构是诸道行御史台（其建置如中央御史台）和诸道肃政廉访司（元最后定制为22道）。从中央到地方的监察官员都由御史台自选，奏清皇帝批准，这在历史上是绝无仅有的，说明了元代对监察工作的重视和加强。

　　宣政院是全国最高宗教事务和民族事务管理机关，“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之”。实际上所有的宗教和民族事务均归其所辖“其用人则自为选，其为选则军民通摄，僧俗并用”。元代是比较崇信宗教的，由皇帝直接任命的帝师，是佛教最高领袖的象征，“正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于座隅”。终元之世任命帝师12人，最小的年龄只有12岁。元代不仅重视喇嘛教，对于道教、基督教、回教等也比较重视，各设有专门的管理机构，如崇福司及一些负责寺庙营缮的司和总管府，这些机构都要服从宣政院的指挥调度，从宗教信仰来划分统治支系，这是元朝*的一大特点。