值得注意的是地方上的达鲁花赤制。达鲁花赤是蒙古语，意为镇压者、制裁者、掌印者，转而为监临官、总辖官之意。达鲁花赤主要由蒙古人充任，是各级地方政府最高行政兼监督长官，虽然他们往往不管实际事务，但由于他们是高踞于其他官员之上的特殊官员，有实际的监督权，因此在地方政务中起着重要的作用。达鲁花赤的设置，反映了元代官制的特点，也表明蒙古贵族在元朝政府中占有特殊的地位。

　　在少数民族和边疆地区，还根据不同情况设置宣抚使司、宣慰使司、安抚使司、招讨使司和宣慰使司都元帅府，从行政管理体系讲，这些使司统属于中央的宣政院。因为它们“掌军民之务，分道以总郡县”，在政务上与行省有一定的关系，所以使司对于“行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省”。使司一般都设有使、同知、副使、经历、都事等员，由达鲁花赤任最高监临官。使司以下设万户府、千户所、百户所，各设达鲁花赤、万户、千户、百户为长官，并设有副职和负责具体事务的官吏。

　　根据各行省的具体情况，有的还设有懦学提举司、都转运使司、茶盐转运司、盐课提举司、市舶提举司等专门机构，分管各种专门事务，是统属于行省的单独行政体系，地方官府无权干涉它们的事务。

　　元代地方行政与中央一样，形成许多单独的行政体系，如在军事上统属于枢密院的镇抚卫所，监察上统属于御史台的肃政廉访（提刑按察）司，以及统属中央各专门职事部门的诸路匠人总管府、提举司和主管专门事务的局、所、司、库等，都独立于地方行政之外，而按自己的行政体系进行工作。在众多的行政体系中，属于通政院的驿传系统则是比较完备的一项制度。