以一百十户为一里的编制是比较周全的，但也有不足之处，十个里长中固然可以选出一个里长来管理全里的事务，但对于其他九位里长的监督和收赋出役的管理的事项则往往鞭长莫及。

    明太祖可能为了去除现行里甲制的一些弊端，或是出于简化地方基层结构更便于赋役黄册的登记等目的，于洪武二十八年，以"一百户为一里"的规定更改了里甲制的编制。这道规定势必使原来的一里之户进行新的划分，产生了新的影响。

而关于这种新的划分史书上不见记载，但其可能的情况至少有以下三种：

    第一种划分的方法。在黄册制度未在全国推行以前，江南的一些地区事实上已经出现了所谓的小黄册之法，其编制的基本方法是一百户设一里长和十户甲首。

（《永乐大典》卷二二七七之《湖州府三·吴兴续志》）其虽亦分为十甲，轮流应役，但对于每百户中只设一里长，十户甲首，因而其每年在里长和甲首的编排上无法实现均平。④可见这种方法是不成功的，且明太祖在起初规定里甲制的编制时，已决定在一里之中设十里长，十甲首，轮流行役。这种编制已被证明为更能实现均平，它比设立"一户里长，十户甲首"的编制更好。

    第二种划分的方法。那就是仍旧设十里长，但每甲余下的九十户分为九甲，每甲十户设一甲首，并且也以户出丁粮的多寡来进行排序，正好已十年为一周，这与"编一百十户为一里"的情况大同小异，运作也基本相同，但如此在全国的范围内对里甲大动手脚，起的却是与原来差不多的效果。

    第三种划分的方法。即一里之中仍设十里长和十甲首，但每甲为九户。每年由十里长之中选出二位里长，一位管理其他几位不当差里长的赋役征收，一位管理其他九位甲首的赋役征收。全里也能做到井然有序。但如此的话，实际的排年却是九年一周，也就是说，如果要造册上报的话，则实际的编册也应该九年一轮。

    事实上洪武二十八年的"编百户为里"的规定，很有可能就是以采取第三种划分的方法来推行的，因为明成祖所造的第一次黄册是在永乐元年，而第二次大造黄册却是在永乐十年，其中间隔了九年，这与黄册"十年一造"的规定是不符的。但这可能就是明太祖在洪武二十八年"编百户为里"的结果。但是，从永乐十年开始的黄册大造复又以十年为周，并且一直持续到明亡。可见，"编百户为里"的规定与行政发生了冲突，简化里甲的编制与"黄册十年一造"的旧制产生了矛盾。里甲制的编制又恢复到"一百十户为一里"并一直保留到里甲制的瓦解为止。