北京地区最早传入基督教和建立教堂，应该说是在元朝。据说当时在蒙古贵胄和色目人当中信徒不少，至今在房山地区还保存着也里可温教石碑，以及刻有“十”字的庙宇（很可能就是当时十字教教堂），这可能是北京地区最早的基督教教堂了。元朝政府为了管理教务还专门设立了一个行政机构——“崇福司”。当时中国的也里可温教经常与罗马教廷保持着信使往来。据考证也里可温教就是天主教方济格派和多明我派，该教的修士经常以教皇（如教皇尼古拉第四）的使节的身份来华，其中较为知名的有：柏郎嘉宾及其随行本笃派的罗伯鲁和隆如美等人。他们曾得到元世祖忽必烈的许可在北京建立了天主堂。１４世纪中期以后，随着元朝的覆亡，也里可温教在北京的活动也就销声匿迹了。又过了大约一个多世纪，到了明朝晚期，在北京地区才又逐渐恢复了该教的活动，当时称为天主教（旧教）。传教士当时自称为“天教”、“天学”，其中主要为耶稣会士，此外也有一些多明我会士、奥斯定会士和方济格会士。他们开始时是在广东、福建等东南沿海地区，如澳门、广州、韶州（广东韶关）、肇庆、泉州、福州等地进行传教活动。但由于这些传教士不谙中国语言文字，不熟悉中国民风民俗，因此影响不大，没能站住脚跟。嘉靖十九年（１５４０），方济格·沙勿略来东方传教，但他也只能在印度和日本之间活动，并没有进入中国大陆，最后死于广东台山的上川岛。万历六年（１５７８）范礼安作为耶稣会远东视察员，在赴日途中路经澳门，在该地逗留了十个多月，主要是研究制定天主教打入中国的方针政策和传教的方式。接着在万历七年和万历十年耶稣会总会派意大利籍传教士罗明坚、利玛窦先后来华。其中特别是利玛窦入华对天主教在中国流传起的作用最大，影响最深。正是他使天主教东传的历史进入了一个新阶段。利玛窦先后在澳门、广州、肇庆、韶州、南昌、杭州和南京等地活动，并结合中国的具体情况，制定了新的传教政策，即“合儒”、“补儒”、“超儒”，也就是以学术为手段叩门而入。他本人先是身着僧装，后来又改穿儒冠、儒服，用科学知识与望远镜、自鸣钟、地球仪、洋琴等奇器以及火炮和地图等为馈赠物品，送给万历皇帝和上层人士，并专门与中国的士大夫知识分子打交道，以博得这一部分人的好感和同情。万历二十八年，他与另一名传教士庞迪我等八人一起来到北京，通过送礼得到了万历皇帝的接见和被允许其可以长期在北京居住，同时又取得了在华传教权，甚至还打入了中国宫廷。许多在朝高官显贵（如徐光启、李之藻、杨廷筠等）均接受了洗礼。