明代布政使司与都指挥使司辖境大致相同，但略有参差，有相互约制之意。如颍州(今安徽阜阳)隶南京凤阳府，而颍州卫属河南都司；夔州府(今四川奉节)隶四川，而瞿塘卫(治今奉节)属湖广都司；磁州(今河北磁县)隶京师，而磁州千户所属山西部司等皆是。布政使司下辖府、州、县和土府州县及部分土司，据《大明会典》记载，万历初有一百三十七府、十三军民府、一百九十九州、一千一百四十九县、八土府、四十六土州、七土县及八宣慰司、五宣抚司、七安抚司、一百一十六长官司、一卫军民指挥使。另有布政使司佐理官参政、参议分守各道，派管粮储、屯田、清军、驿传、水利、抚民等事，或节制一或数府州，称分守道。各布政使司参政、参议均因事而设，员额不等，京师、南京不设布政使司，无参政、参议，境内各道由邻省布政使司带管。

明布政使司虽为地方的最高行政机构，但自中叶以后，各地遍设总督、巡抚，布政使司需受其节制，地位下降。