清初儒学对当时及其后的中国社会与思想文化影响较为深刻的，无疑是早期启蒙儒学和庙堂儒学。前者体现了明代中后叶以来、尤其是晚明清初的时代精神气息，显露出以儒学为主体的中国思想文化由传统向近代转换更新的动向；而后者乃是正宗官学，是清初统治者利益意愿的体现，不仅在当时即具鲜明的意识形态意义，而且更奠定了有清一代思想统治的根基，它迟缓乃至阻碍了以儒学为主体的中国思想文化由传统而近代发展的历史进程。