日本外务省档案中，有戊戌政变之后，守旧派徐桐所上条陈之摘要一件，把矛头指向与新政有牵连的地方督抚，其中就包括吴大澂在内。其文谓：

《举劾大臣》：徐荫轩相国桐，年登大耋，当朝柱石。近来慈眷益浓，前月缮具长疏，举劾大臣。其所劾者，为前协揆翁同龢，前尚书孙毓汶，南洋大臣刘坤一，山东巡抚张汝梅，安徽巡抚邓华熙，山西巡抚胡聘之，开缺巡抚吴大澂,皆附和新法，好与逆党及洋人往来者。又湖广总督张之洞，臣前保奏，今亦改节，以上六员若不从严惩办，恐新党日久，又复萌芽。大学堂尤逆党聚集之地，在堂人