蒙元享国虽仅百年，却是西南边疆发展史上重要的转折点。由于蒙元贵族是来自边疆的少数民族，“华夷有别”与“内华夏、外夷狄”的偏见比较淡薄，对边疆少数民族亦较少歧视与防范。为获取赋税与矿产品，以及通过边疆实现对外扩展的目标，蒙元在西南边疆实行积极经营的政策。统治者还在不少方面采取内地的方式施治，诸如在各地广泛设治并提高控制的程度，普遍征收赋税和矿课，积极发展交通与开办学校，西南边疆地区较大规模的屯田亦始于元代。元朝在西南边疆普遍推行的土官制度，与前代“羁縻之制”主要的区别在于引进了封建官僚制度的机制，对土官进行较为严格与规范的管理，并正式将士官纳入国家官吏管理的体系。蒙元在治边思想上较前代虽前进了一大步，但对在西南边疆进行全面开发和充分利用资源还缺乏充分认识，这一点使蒙元的经营与明清的开发区别了开来。另外，元朝享国日短，中后期迅速腐败，对其在边疆的经营也产生了不利影响。

明朝继承了汉唐“守在四夷”的治边之策。由于视北方蒙古诸部为胁腋之患，因此明廷驻兵与移民的重点是在北方。明朝统治西南边疆地区的基本目标，是通过遣兵置守和施行土司制度以争取“无西南之忧”。另—方面，由于受中央集权与实行卫所制度的影响，同时明廷对西南诸族强悍不易管理亦较了解，因此在西南边疆地区派驻了众多军队。为解决驻军给养，同时基于驻地有适合耕种的土地，明朝在西南边疆广为屯田，镇守各地的军士也成为强制迁徙的移民。大规模屯田以及伴生的强制性移民，对西南边疆地区的开发起到很大推动作用。明朝在西南边疆亦征收

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