光武即位，初置大司徒，《汉官仪》说：“王莽时，议以汉无司徒官，故定三公之号曰大司马、大司徒、大司空。世祖即位，因而不改。”建武二十七年（公元51年），去“大”，称司徒。《后汉书·百官一》载：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、逊顺、谦俭、养生送死之事，则议其制，建其度。凡四方民事功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”若国家有大事，即与太尉、司空共同商议。司徒主人，掌教化，分领太仆、鸿胪、廷尉三卿。属吏有长史一人，秩千石。掾属31人（《汉官目录》作30人，此据《后汉书·百官一》），令史及御属31人。光武帝即位，依武帝故事，置司直，居丞相府，助督录诸州，建武十八年（公元42年）省置。汉献帝建安八年（公元203年），复置司直，但不隶属司徒，掌督中都官，不领诸州事。

司空，公1人。光武即位置大司空，建武二十七年去“大”，为“司空”。《后汉书·百官一》云：“掌水土事。凡营城起邑，浚沟洫、修坟防之事，则议其利，建其功。凡四方水土功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”国有大事，则与太尉。司徒共商议。司空主地，分领宗正、少府、司农三卿。献帝建安十三年（公元208年），改司空为御史大夫，职如司空，不领侍御史。其属吏有长史1人、掾属29人、令史及御属42人。

东汉初年，征拜三公多是知名经师，当时皇帝勤于政事，好明察，仅以尚书协助自己处理政务，不以实权交给三公。并且对仅有考课任务的三公，还课其殿最，往往以小过而免退之。例如宋弘为大司空，在位五年，因考核上党太守无所依据而坐免官。伏湛行大司徒事，以冬祭高庙，因河南尹与司隶校尉在庙中争论，而湛不举奏，坐免官。赵熹为太尉，明帝永元三年（公元60年），以考核中山相薛修事不实，坐免官。冯鲂为司空，永平四年（公元61年）以考核陇西太守邓融事，听任奸吏所为，坐免官。更有甚者，至于诘责诛斥，例如韩歆为司徒，因好直言，无所隐讳，光武帝不能容忍，把他免官，遣归乡里，并下诏责之。韩歆惶恐不安，与其子婴皆*。其后欧阳歙、戴涉为大司徒，皆以罪下狱死。

西汉时，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。光武即位，沿西汉旧制，也置九卿。其所职掌，也与西汉略同，只是机构的裁并，属官的精简，有异于前。此外，东汉的九卿，分别隶属于三公。《通考·职官考》说：

除三公、九卿、尚书台以外，东汉又有各级将军，也是中央要员，《后汉书·百官志一》云：

比公者四：第一大将军，次骠骑将军，次车骑将军，次卫将军，又有前后左右将军。

大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置，东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。《通考·职官考》云：

自安帝，政理衰缺，始以嫡舅耿宝为大将军，常在帝都。顺帝即位，又以皇后父、兄弟相继为大将军，如三公，汉末犹在三公上。梁冀、窦武、何进皆以大将军录尚书事，专制朝政。将军下设长史、司马各1人，皆千石，从事中郎2人，六百石，职参谋政。此外，又有掾属29人，令史及御属31人，均在府中供职。将军领兵的，都有部曲。大将军营五部，每部校尉1人，比千石，掌领兵，是统率营部或某一兵种的武官。军司马1人，比千石，主兵。部下有曲，曲有军侯1人，比六百石，掌监军。曲下有屯，有屯长1人，比二百石。凡不设置校尉部的，但置军司马1人。又有假司马、假侯，都是副贰之职。所属兵员多少无定额。其余杂号将军，有事则置，因事命号，事已则罢。也有部曲、司马、军侯以领兵，也有掾、史分掌兵器与营务。明帝永平八年（公元65年）复置度辽将军，以护南单于，因其内部时有不稳，遂为常设将军。灵帝时设“西园八校尉”防守京都洛阳，以宦官负主要责任，开宦官统兵之恶例。东汉政府对于少数民族，也设有多种专官，如“使匈奴中郎将”、“护乌桓校尉”、“护羌校尉”等。

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