咸和二年（327）十月，庾亮不顾臣僚劝阻，强行征召历阳内史苏峻到中央任大司农，借以削夺其兵权，消除朝廷隐患。苏峻不从，遂联合豫州刺史祖约共同起兵讨伐庾亮，一场新的动乱爆发了。苏峻兵强马壮，武器精良，在祖约的配合下，很快挥兵至建康城下，官军连连败绩。庾亮丢盔弃甲，撇下当皇太后的妹妹和外甥小皇帝，匆忙带着三个弟弟狼狈出逃寻阳投奔温峤。次年二月，建康失守，百官奔散，殿省萧然，留下护卫小皇帝的只有王导、陆晔等少数几个大臣。苏峻勒兵入宫，王导抱着小皇帝坐在御座上，侍中褚、钟雅及右卫将军刘超等待立左右，显得正气凛然，叛军不敢上殿。苏峻自封骠骑将军、录尚书事，专断朝政，滥署百官，殴打大臣，裸剥士女，为所欲为，以王导德高望重，仍然让他官居原职而排在自己前面。叛将路永、匡术劝杀尽王导等大臣，苏峻敬重王导，没有同意。苏峻又逼迫成帝迁居石头城，软禁在一间仓屋里，还天天跑来高声叫骂，骂尽各种丑话。王导开始害怕起来，担心大祸临头，这时也顾不得小皇帝了，匆忙带着两个儿子逃到了城外的白石。直到叛乱平息，王导才回到石头城，并让手下人把元帝给他的节拿来，陶侃揶揄地说，“苏武节似乎不是这个样子！”王导羞愧满面，无地自容，慌忙令人把节收起。

　　苏峻之乱历时一年零四个月，给建康城带来极大的破坏；士民逃散，百业停废、宗庙宫室化为灰尘。面对调敝残破的景象，不少人建议另迁新都，温峤提出迁都豫章，三吴豪强请求迁都会稽，众说纷坛，莫知所从。王导力排众议，坚持说，“建康，古之金陵，帝王故里，孙仲谋、刘玄德都说‘建康王者之宅’。古代帝王不因丰俭而迁都，如能以农业为根本