随着形势的渐趋稳定，朝廷内部又出现新的*格局，陶侃因平叛立有大功而被擢升为侍中、太尉，封长沙郡公，加都督交、广、宁州诸军事，权位显著上升。温峤因功而拜骠骑将军、开府仪同三司，加散骑常侍，封始兴郡公。郗鉴拜为侍中、司空、南昌县公。庾亮自感失职，请求出居外镇，带罪立功，朝廷批准他出为都督豫州、扬州之江西、宣城诸军事，豫州刺史，领宣城内史，镇羌湖。王导平叛无功，不升不降，但因他是元帝亲任旧臣、三朝元老，陶侃、温峤、郗鉴又都领兵在外，故被推举留京辅佐成帝，重新执掌朝政。

　　王导二次上台，继续推行宽政，“务存大纲，不拘细目。”湘州刺史卞敦在苏峻之乱中作壁上观，既不出兵勤王，又不供给军粮，朝廷颠复，坐观成败，按律应当革职治罪。王导以：“丧乱之后，宜加宽宥”为由，调卞敦为安南将军、广州刺史；卞敦装病不肯去，又调任光禄大夫、负责少府。后将军郭默假传圣旨，擅杀江州刺史刘胤，王导害怕郭默不好制伏，反而宣布大赦天下，下令把刘胤的首级割下来挂在朱雀桥上示众，并任命郭默为西中郎将、江州刺史。陶侃闻知大怒，致书王导说：“郭默杀方州，即用为方州；害宰相，便为宰相乎？”即日上表朝廷，请求发兵讨伐。王导答书说：“默居上游之势，加有船舰成资，故苞含隐忍，使其有地。一月谮严，足下军到，是以得风发相赴，岂非遵养时晦以定大事者邪！”陶侃看完信后冷笑说：“这是遵养时贼啊！”王导自知措置失宜，只好令人收起刘胤首级，命庾亮协助陶侃进讨，斩郭默于寻阳。王导所任将领赵胤、贾宁等人，又个个都不奉公守法。凡此种种，使大臣们担心起来，陶侃甚至想起兵废黜王导，因郗鉴反对面未能实现。