南京大学潘群教授认为，五谷树既然是郑和从海外带回来的，因此它到中国的第一站自然是在南京，郑和曾经在南京的好几个地点种植下了五谷树。《金陵琐事》、顾起元的《客座赘语》均载，五谷树“有二株，一在皇城内，一在永宁寺……乃三宝太监郑和下西洋取来之物。”王友亮《金陵杂吟》中则说：“五谷树，明太监郑和自西洋归所植，一(在)天界寺，一(在)报恩寺。”不过，由于几百年来的战乱，这些有明确史料佐证的五谷树都被毁掉了。

　　有人说在南京郑和公园内有五谷树，是二十多年前栽的，每年四五月开花结果，结果的时候，果实和五谷树的特征一模一样。南京国防园中也有一棵五谷树，而且其开花时的特征和史料中描述的，几乎完全相符。这棵树树龄不算大，仅有一人多高，两根树干上光秃秃的，还没长出叶子。不过，这两棵是否五谷树还有待考证。

　　郑和后裔郑自海说，此树是郑和带回来的植物中最具神秘色彩的一种，史书上记载五谷树“结子如五谷，亦有似鱼蟹之形者。”而南京的植物专家李梅则提出了质疑，某些植物对于天气确实会发生一定反应，但不是通过结果的方式来表现的。说五谷树有预兆收成这样的灵异作用，缺乏科学根据。