在发掘过程中，专家还发现了“五城同址”的有趣现象。专家在里耶原有的战国、秦、东汉时期的古城的基础上，又发现了明清时期的古城墙遗址，并出土了大量的箭镞、兵器及巨大的木头等器物。不过，参与考古发掘的专家龙京沙表示，在古城遗址上发现的明清时代的古遗址只是一些土垒，从严格意义上来说，还不能简单地称之为“五城同址”，需要进一步考证和研究。