袁崇焕被害，死得十分惨烈。据史料记载，袁被害后“暴骨原野，乡人惧祸不敢问”。他那血肉模糊的头颅，被悬于高杆之上“枭首示众”，后被袁崇焕部下的一位佘姓谋士盗其头颅，掩埋于自家后院，隐姓埋名在此守候袁灵整整155年，直到清乾隆年间袁崇焕冤案得以平反昭雪，真相才算大白于天下。

清乾隆四十九年(1784年)，下诏为袁崇焕平反。《清高宗实录》载：“袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主暗政昏，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻”。乾隆所以如此，当时也是为了收买人心，并说明他是一位明主。

据史料记载，袁崇焕墓在北京的广渠门内当时的广东义园(今东花市斜街)。墓始建于清道光十一年二月。当时南海吴荣光所题墓碑“有明袁大将军墓”。

解放后，1952年由于广东义园要迁到城外郊区，袁墓也在其中，后经当时的著名爱国人士叶恭绰、李济深、章士钊等联名上书毛泽东，吁请保护。后毛泽东亲笔复函说：“明末爱国领袖人物袁崇焕先生祠庙事，已告彭真市长，如无大碍，应予保存。”(见《毛泽东书信集》)，后几经周折，终于将袁墓及祠堂保存下来，1954年重新维修，基本上保持了原来的格局。原墓堂廊柱曾悬有康有为所书：“自坏长城慨今古，永留毅魄壮山河”的对联。但到“文革”期间袁墓惨遭破坏，祠堂被毁，墓碑放倒于荒草丛中。

2002年，北京市将其墓祠重新修复，以供后人瞻仰。修复后的祠堂内保留有当年袁崇焕的亲笔墨迹“听雨”。而为袁崇焕守墓从其先祖至今历经370余年的佘家第17代后人，已经年过花甲的佘幼芝老人被聘为袁崇焕纪念馆的终身顾问。

袁督师庙在今龙潭湖公园东岸，规模不大，门前围有松柏，也已修复。原康有为所题的门联：“其身世系中夏存亡，千秋享庙，死重泰山，当时乃蒙大难”；“闻鼙鼓思东辽将帅，一夫当关，引若敌国，何处更得先生”，仍保存完好。