第一次见到水下情况时，所有的人既兴奋又痛心。兴奋的是经历了千辛万苦终于找到了水下遗址；痛心的是沉船已被盗掘者破坏。被破坏的现场零乱狼籍，触目惊心:在数千平方米的范围内散落着大量的瓷器残片，到处可见残破的瓶口、碗底、碟片、熏黑的船木等，因水下爆破形成的3个大坑宛如巨大的伤疤。沉船的上部已被全部破坏，从瓷器崭新的茬口推断，显然是近期内盗掘-所致。残存的船体因掩埋在较深的珊瑚沙下，估计会有另外的发现。经过连夜讨论，考古队决定首先对现存的遗址表面进行测量和摄录像，待表面清理完毕后再开始发掘工作。

    西沙水域的海潮是不规则的半日潮，礁盘内海流循环往复，几乎没有高平潮与低平潮的短暂间歇。由于遗址的水深低潮时只有1.5米左右，海水涌浪较大，人员无法在水中站稳，工作效率甚为低下。经过反复实验，利用高潮时水位稍深，使用水面供气、水下工作的方式反而较为便利。

    这次水下发掘是我国开展水下考古以来第一次在真正的清水中进行的，与以往在渤海、东海等地的浑水中考古作业完全不同。大家干劲十足，一连数天，除了吃饭都轮番下水作业，最后沿一个5米×5米的探方向下发掘了近4米。揭开覆盖在文物上的珊瑚沙后，露出码放整齐的成摞青白釉瓷碗和大量白瓷粉盒等瓷器，与史料上对驶向外域的"货多陶器，大小相套，无少隙地"的货船描述完全一致。经过十余天的连续苦干，在该遗址发掘出水了大量南宋末至元代初期的外销陶瓷制品。这些瓷器均产自福建省的各窑口，以青釉和青白釉色为主；造型有碗、碟、盘、壶、罐、盆、粉盒等，从用途看应是当时销往东南亚地区的日常生活用品。遗憾的是，水下抽泥机是用船上一台水面供气机临时改造的，功率和过流量太小，遗址探方上的珊瑚沙随抽随泻，再加上考古队要抓紧时间赶往北礁，未能将遗址全面揭露。为防止珊瑚的坍塌和渔民盗掘，考古队员将遗址做了回填，全面和深入的发掘工作只好留待今后完成了。