研究学术界尚存在不同的意见，某些焦点问题及学术缺环需要依靠新的考古资料加以解决。就单一文化而言，通过已有资料对其内涵的认识尚不充分，也需要新的田野考古资料加以补充和完善。通过地表调查可知，兴隆沟遗址包含兴隆洼文化、红山文化、夏家店下层文化３种不同文化遗存，对三者之间各自文化内涵及在同一地点演变关系的研究成为此次发掘的主要学术目标之一。
第二、充分利用辽西地区史前遗址埋藏和保存的独特优势，大力开展聚落形态考古研究，借此探索该区域史前社会组织和结构的变化，阐明辽西地区在中国文明起源进程的地位与作用。已有的发掘资料和大量的调查资料证实，辽西地区史前遗址的埋藏和保存状况十分独特，同一文化或不同文化的遗址间很少存在叠压和打破关系，从而为聚落形态考古研究提供了十分有利的条件。通过兴隆沟遗址的发掘，将搞清同一时期聚落内建筑物的类型及布局，并结合出工遗物，分析建筑物的功能及相互关系，借此推断当时的技术水平、社会组织关系：将搞清同一时期特定区域内聚落与聚落之间的相互关系，通过多方面的比较，确定聚落功能的变化及规模的差异，进而了解当时人的生活习俗、人口规模及所处社会发展阶段；将搞清不同时期聚落形态的演变关系，探索该地区文明化进程的主要规律及显著特征，并深入揭示该地区文明化进程中的主导因素，为中国文明起源的研究提供新的考古证据。
第三、从狩猎—采集经济向农业经济过渡及农业的起源是世界范围内不同区域考古研究共同关注的热点问题之一，这也是人类在早期社会发展阶段共同走过的道路。有关该课题的研究在辽西地区并没有得到深入展开，由于缺乏考古实证资料，大家在涉及这方面问题时，仍旧停留在表层讨论或主观推测上，难以取得实质性学术进展。有鉴于此，兴隆沟遗址的发掘将以解决辽西地区史前经济形态问题作为主要学术目标之一。
为了达到兴隆沟遗址发掘预期的学术目的，在发掘方法和手段上又进行了一些新的调整，充分体现“精挖细做”的原则，力争较全面地获取考古信息资料。
第一、发掘之前，请所内专业测绘人员到现场帮助设立永久性基点，对遗址进行总体规划及测图。笔者在１９９８年曾到日本进行短期研修，参加了日本奈良国立文化财研究所在平城宫遗址的发掘工作，当时最大的感受就是中日双方主要的差距在于我们的发掘工作往往缺乏对遗址进行周密的总体规划，考古测量和技术手段的应用也明显落后于日方。对于那些需要连续做工作的史前大型聚落遗址和历史时期的城址而言，这两个方面工作的滞后能够直接导致考古发掘资料科学性的降低，对于遗址的长期保护工作也十分不利。当然，彻底改变目前的现状还受到很多客观因素的制约，一方面需要投入较多的经费进行设备的更新，另一方面也需要时间对考古测量队伍进行专业化培训，但最主要的是主持发掘人员意识的更新，力争在现有条件下把差距降至最低点，杜绝仅凭皮尺和罗盘就可以进行布方发掘的现象。
第二、根据发掘项目的总体及年度要求，合理确定本年度的发掘区，统一布方进行发掘。考虑到兴隆洼遗址经过大规模发掘，已将一期聚落完整地揭露出来，为在辽西地区开展聚落形态考古研究积累了丰富的经验。兴隆沟遗址第一地点属于兴隆洼文化中期遗存，从当前学术研究和遗址保护的长远性出发，全面揭露是没有必要的。根据地表能够观察到房址明确分区的现象，每年度选择不同区的房址进行重点发掘，搞清各区房址的年代关系，再结合地表所见房址的数量及排列走向，能够探明聚落的整体布局。
第三、采用网格法对半地穴式房址进行清理。在我国旧石器时代遗址发掘中网格法被广泛采用，在新石器时代遗址发掘中大多不用，在辽西地区同类遗址发掘中尚属首次采用。耕土层清理掉后，房址开口露出，以西南角为基点，设立横纵坐标，布出１平方米的网格，统一用线绳拉出。同时要穿过房址的中心点，设立宽２０厘米的横纵隔梁各一道。发掘时首先要逐层进行清理，在同一层位内则按５厘米的水平深度进行清理。网格法的应用，有利于处理房址内出土遗物的横纵关系，对于系统采集浮选土样是十分有效的。
第四、对房址堆积层内和居住面上出土的所有遗物包括人工遗物和自然遗物逐一进行编号、绘图及重点照相。以往的发掘中，对堆积层内出土遗物缺乏详细记录。房址堆积层内出土遗物是了解房屋废弃过程及当时人废弃行为的重要证据。在考古学研究中，遗物出土位置及组合关系的重要性往往胜过遗物本身。
第五、清理居室墓葬与普通墓葬略有差异。兴隆沟遗址第一地点再次发现居室墓葬，证明居室葬俗在兴隆洼文化中具有普遍意义，此前，兴隆洼遗址和查海遗址均有发现。在清理工作中，一定要搞清楚墓葬和房址之间的关系。墓口上面如果发现有通连的居住面，证明埋入墓葬后该房址曾被继续使用：如果没有硬面，可能埋入墓葬后该房址即被废弃。另外还要注意墓葬填土内有无居住面残块，兴隆沟遗址第一地点所发现的居室墓葬的填土内均有或大或小的居住面残块，证明墓葬是在房址使用一段时间后埋入的。
第六、系统采集浮选土样，选择重点单位采取孢粉土样、炭样。在发掘过程中，以网格为单位，分层采取土样，对于灶坑、窖穴、陶器内的土样全部采取，阴干后，由专人现场进行浮选。共获土样标本２０００余份，取得了较重要的收获。植物考古学家的现场参与是十分必要的。
第七、分类收集各类遗物。由体质人类学家到现场对人骨进行鉴定，按部位编号、提取，挑选出供ＤＮＡ的标本。对第一地点５号房址内出土的聚组兽头际本，由所内派专家现场指导，整体取回，确保了所获资料的完整性和科学性。
第八、发掘出土全部过筛，避免了石叶、果核等细小遗物的遗失。此种做法是借鉴我所中美联合考古队在河南商丘地区工作经验的结果，十分有效。需要指出的是，筛土一定要记清单位，以便对筛出的遗物进行复位，提高资料的利用价值。
第九、采用高精度ＧＰＳ对房址内出土遗物及发掘现场遗迹进行了测绘。
第十、发掘工作结束后，对现场进行了保护。对灶址及房址穴壁用药品加固处理，居住面以上填１５厘米厚的细砂，穴壁用纯生土包实，四角埋有木桩，房址开口上堆土高出周围３０厘米。
围绕前文提到的３项学术目标，今年的发掘工作有以下３项：
第一、发掘第一地点中区部分房址，搞清该区房屋形制及与东区房址的年代关系，进一步了解聚落的布局关系，加强兴隆洼文化聚落形态的比较研究。
第二、利用春耕过后的大好时机，对第二地点地表所见的灰圈遗迹进行测绘，寻找围壕的出入口。在去年工作的基础上，选择保存较好的部分房址进行发掘。鉴于目前红山文化居址零散、分期问题始终没有解决，希望通过第二地点的发掘工作寻找新的学术突破口。
第三、第三地点分为Ａ、Ｂ两区，Ａ区位于山坡上，是一处有圆形围壕的夏家店下层文化居住址；Ｂ区位于西南侧的山顶上，是一处有石墙和石圈的祭祀址，通过调查及小规模试掘，尚需进一步确认两者之间的年代关系和使用功能。
在发掘工作中，根据课题设置要求，将邀请植物、动物考古学家、体质人类学家、地质、地貌专家到遗址现场参与发掘、鉴定工作，同时做好各类样品的采集工作，对已采用的发掘方法将根据发掘工作的现实需要进一步完善。发掘工作结束后，将与地方政府联合做好遗址的保护工作。
