具讽刺意味的是，美洲印第安人健康状况衰落的根源，恰恰在于美洲印第安文明的早熟性:传统农业的发展与城市的兴起。美洲印第安人从事农业耕种的历史长达5000年，城市发展的历史也有2000年之久。理查德。斯科特博士指出，农业上，印第安人虽在培植植物方面取得了卓越成就，但在实际生产中却很少生效，耕作技术从未超过养活全体居民这一最低限度，而巨大的社会等级差异，又使绝大多数印第安平民的食物供应不足，结构趋向单一化。根据骸骨中疏松的蜂窝质判断，绝大多数人长期饱受蛋白质与矿物质摄入不足之苦。而城市规模的急剧扩大，与相对落后的城市卫生系统，则为各种流行病传播提供了最好渠道。也许正是如此，健康状况最差的地区，就分布在古代美洲文明最发达的部分，例如秘鲁和玻利维亚边境，以及濒临的的喀喀湖畔的帝华纳科地区。据X光-显示，来自这些地区的居民骨龄绝大多数不超过35岁。

　　作为这一论断的旁证，工作组成员，古灵长目学家乔治。阿米拉各斯教授通过比较后发现，在12500具骸骨中，最健康的族群反而来自仅处于前农业文明时期的沿海地区。由于缺乏层床叠架的国家机器，使他们的生活水平大体相当，且免于繁重的劳役之苦。海洋提供的鱼类与贝类，也丰富了他们的食谱，定居点的星罗棋布与相对隔绝，降低了传染病危害的规模。分布于自南卡罗来纳州至巴西圣保罗的14个定居点中，11个定居点的居民健康状况在这次浩大的统计中名列前茅。

　　研究小组在解剖秘鲁安第斯山中发现的一批1000年前的木乃伊时，发现其中近1/3患有肺结核，这个发现不但说明这种致命疾病在哥伦布到达之前就广泛流行于美洲，也证明当时印第安人免疫系统的极度脆弱及医药卫生条件的极度落后。因为如果处置恰当及时，肺结核不过是一次危害甚小的病毒性支气管感染。

　　不论玛雅人，还是阿兹台克人，相对他们光辉的艺术、天文、数学成就，他们的医学卫生发展始终处于襁褓状态，与巫术有千丝万缕的联系。这曾给初到美洲的欧洲人以深刻印象，圣多明我派神父佩雷斯?埃尔南特曾在他的日记中记载了墨西哥地区原始的医术:“村中的巫师往往兼任大夫的职责，他用酒调和蝰蛇的剧毒治疗瘟疫，用煮熟的兔脑摩擦牙床来减轻牙龈疼痛。对关节炎，他们用一种所谓的蒸熏法，即收集6块大小相仿的火山石，浇上搀和香料烧过的开水，然后把石头夹在病人的大腿中间。”

　　如果这些描述属实，无怪乎在研究小组所分析的骸骨中频频出现牙周炎、骨折等病症。除了落后的医疗卫生措施，城市环境的落后，也充当了隐形杀手角色。那些宏伟的都市，无论是特诺奇提特兰还是墨西哥城，尽管它们拥有规模宏伟的石制建筑与宽阔的道路，但肮脏的环境使居住其中并非是一件幸事。由于缺乏现代化的排污设施，垃圾与污水随处可见。18世纪初期，新西班牙总督布卡勒里花费了10年时间，才得以将墨西哥城内囤积几个世纪的污染物清除干净，并添设了照明与排水系统。特诺奇提特兰的情况更为糟糕，由于阿兹台克帝国频繁举行的活人祭祀，使这座首都宛如一个巨大的屠宰场，由此引发的空气饮水污染，无疑成为居民健康的一大危害。斯科特博士推断科尔特斯抵达后，特诺奇提特兰发生的一场大瘟疫，很可能就是未经处理的人畜尸体在作祟。

　　法国历史学家萨格。古辛斯基认为应把这场悲剧的起因归咎于古代美洲文化本身的一个固有缺陷，即精英阶层文化与大众文化缺乏交流。印加与阿兹台克的僧侣们沉湎于复杂的文字与抽象的数学、天文，完全忽略了支持他们存在的大众的物质生活需要。正如杰罗姆。罗斯博士在接受记者采访时表示:“生存环境的恶化与文明的内在缺陷导致种族衰亡，这在人类历史上屡见不鲜，不过由于殖民主义的倒行逆施，使我们在研究美洲历史时常常忽略这一点。”-

　　科尔特斯描述他到达时的特诺奇提特兰，活人祭祀对城市环境的污染。

　　“那座可憎的大神庙(蒂奥――卡里)高踞在城市其他建筑物之上，殿前的114级台阶上都洒满了牺牲者的鲜血，结成一层黑色的硬皮，散发出一股恶臭，我敢打-哪个卡斯蒂略屠宰场里都没有如此难闻的味道。在神庙顶部的木制神龛里供奉着一尊丑恶的半人半鳄像，在神龛前的巨大祭坛上也满是血迹，摆着许多阴森恐怖的东西，例如已经烧焦的人畜心脏。在另外一座名为维奇洛沃斯的巨大神庙前的广场上，摆放着许多坛坛罐罐，被杀死的活人祭品的肉就放在这里煮，然后被祭司和显贵们分食。大腿献给君王蒙特祖马，其他部分与玉米混在一起煮。不远处还有一口大水池，煮肉的水就从这里经过管道注入，然后又被倒回这里。在广场后面的大房间里，整整齐齐地摆放着上万个牺牲者的骨骼。”

　　——贝尔纳尔。迪亚斯。德尔。卡斯蒂略著《征服新西班牙信史》

　　西班牙人笔下的印第安人巫术

　　“我受好奇心的驱使，由一个仆从陪同，跟随印第安人上了山，想看看他们的迷信怎样驱灾除病。山洞里烟雾弥漫，点着无数蜡烛与树脂，几个印第安人匍匐在地上，前面躺着即将接受驱魔的病人，看样子似乎是疟疾之类的疾病。山洞里的台子上摆着几尊偶像，有的像人，有的像盘着的大蛇，巫师在那里念念有词，并焚烧了病人家属带来的衣服。然后戳破自己的手指，将血滴落在病人的额头上。他们对我说每次进山洞来找巫师前的几天，都要斋戒，并且不和妻子同床。这位巫师的工作还包括主持婚礼与祭祀，并根据儿童的出生日期给他们取名字”

　　——佚名氏著《新西班牙散事录》