同时，曹操平汉中后，拔汉中之民数万户以充实长安及三辅，五斗米道之徒民被迫北迁魏地，因而五斗米道原来的组织体系便被打破，祭酒徒众分散各地。张鲁的后继者曾试图重新统一五斗米道，发布了(大道家戒令)，但是无济于事。由此，五斗米道在北方民间传播开来，并且一直传到江南。江南五斗米道信徒中重要人物有门阀贵族郗 、王羲之、王献之、杜子恭等。

    这时的民间道教已经不再是一个完整的宗教形式，而是形成一些互不隶属的区域性宗教集团。期间不断掀起群众起义的风暴，其中不少都带有宗教色彩，尤其以披上五斗米道的外衣最为突出。较为著名者有陈瑞，传道于键为郡(郡治在今四川彭山江口场)，自称天师，信徒众多，数以千计。有李流、李雄领导的农民起义，成员多为五斗米道信徒，后与天师道首领范长生联合，称雄蜀地。有孙恩、卢循领导的规模较大的群众起义，一度使东晋朝廷震俱。这些民间道教的起义活动，引起了封建统治者的严密关注，对于道教的发展产生了不利影响。同时也说明了五斗米道如果按照旧有的形式发展下去，已经难以适应封建统治的需要。这时，上层道教的人物也从维护封建统治的目的出发，开始从道教内部进行清整改造。从东晋十六国后期至南北朝时代，中国南北方都出现了由门阀贵族道教徒发起的道教改革活动。道教面临一个新的历史发展阶段。