中医药学在敦煌石窟文化和敦煌遗书中占有重要的地位。在大量的壁面、彩塑、图案、题记、书法及藏经洞大批遗书中都有相当数量的记载和描绘：从阴阳五行学说到以脏腑学说为中心的中医基础理论；从脉学诊断到内、外、妇、儿临床各科；从针灸到大量的古医方；从本草学著作到医事杂论；从古藏医药文献的发现到独具一格的道医、佛医的展示，从基础理论到临床实践，内容极其丰富。既突出了古丝绸之路的地方特色，又反映了区域民族医学的特色，还包容了外来医学如印度医学、波斯医学的特点，这是敦煌中医药学的显著特征。敦煌医学的发掘，极大地丰富了我国隋唐前后时期医学文献，弥补了这一缺憾之空白。

　　敦煌医学的发掘主要有以下几方面的内容：

　　敦煌医理类著作共收集七个卷子，敦煌遗书中的《辅行诀脏腑用药法要》卷，是运用五行学说，以五行格局经纬五脏六腑而辨证施治、选方用药，其中大小“六神”汤方及5首救卒死方是其精华之品，具有特殊的意义。

　　敦煌古藏医药类著作共收集了5篇珍贵的古藏医药文献，这些古藏文手写本为研究藏族医药学的起源提供了最新资料，在国内外属首次看到，这在促进民族医药发展上具有重要意义。古藏文针灸图是一份图文并茂的吐番医学文献，它为研究吐番医学提供了真实物证。共3张针灸图均出自敦煌石窟，实属罕见，具有极其珍贵的学术价值和文物价值。

　　敦煌针灸类著作共收集6个卷子，对于我们研究和拓展唐及唐以前的治疗经验和文献资料，有着重大的学术价值和文献价值。