摩尔根出生的1866年，正巧是孟德尔发表论文的那一年。他出身名门，父亲曾经担任过美国驻外领事，这使摩尔根从小就能受到良好的教育。青少年时代的摩尔根喜欢游历山区和乡村，他曾利用夏天访问母亲家乡的机会，收集了不少化石。他还跟随美国地质考察队在家乡的山区工作过两个夏天。还曾经到波士顿自然历史学会的海洋生物站过了个夏天，在这里进行海洋生物的实验研究。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

　　1886年，摩尔根考入霍普金斯大学的研究院当研究生，主要从事形态学的研究。摩尔根的导师布鲁克斯给学生阐述生物学内部各分支学科之间的相互关系，并且指出遗传学上还存在着大量问题有待研究。这些都对摩尔根日后的研究产生了影响。

　　1890年，摩尔根毕业了，获得了博士学位。以后，从1894到1895年，他到意大利的那不勒斯动物园去工作了十多个月。那里汇集了许多优秀的生物学家，来自不同的思想流派，从不同学派的争论中，摩尔根学到了很多有益的东西。

　　在那不勒斯动物园的工作，还使他能够接触到世界上最先进的学术思想。从那不勒斯回国之后，摩尔根的研究方法变了，他不再用形态学中常用的比较和描述的研究方法，而改用实验方法，认为它可以得出经得起检验的可靠结论。

　　在孟德尔的遗传理论被重新发现之前，19世纪末期，生物学还有