康熙皇帝对医学很有兴趣，也很有研究。他说自己“年力盛时，能挽十五力弓，发十三把箭”，可见他体格强舰长于弓马。他也得过几场大病，使他很早留心医药学。康熙40岁那年得了疟疾，中医药未能-，耶稣会士洪若翰、刘应进金鸡纳霜（奎宁）。康熙服用后，很灵验，病好了。他召见洪若翰、刘应等，在西安门内赏赐房屋，后这里成为天主教北堂。曹寅得了疟疾，康熙赐金鸡纳霜治好了他的玻此后，康熙便对西药发生兴趣，命在京城内炼制西药，还在宫中设立实验室，试制药品，亲自临观。他提倡种痘以防天花。关外的游牧族群，特别怕患上天花。顺治因患天花而死，康熙也出过天花，脸上留下麻子。清朝在塞外建避暑山庄、木兰围场，原因之一是蒙古贵族可以不入京朝觐，减少出天花的机会。他破除因循，推广种痘，命先给自己子女及宫中女子种痘，还给蒙古49旗及喀尔喀蒙古部民种痘，这就使千万人因种痘而免去患天花死亡或不死而留下麻子的悲剧。

康熙帝命耶稣会士巴多明将西洋《人体解剖学》书籍翻译成满文、汉文。他曾命将一只冬眠的熊进行解剖，并亲自参加。

康熙又喜爱、研习自然科学。他学习和研究自然科学的一个动因，是曾经因为不懂自然科学而在处理政事时遇到困难。钦天监杨光先状告汤若望，朝廷会议展开了一场关于天算历法的大争论。当时，康熙命各位大臣在午门前观测日影，但在九卿中没有一个懂得天文历法的，康熙自己也不懂。他想：自己不懂，怎么能判断是非呢？因此发愤学习。

康熙二十七年（1688年）十一月二十八日，白晋、张诚等6位法国科学家在乾清宫受到康熙帝的召见，他们献上了从法国带来的30件科技仪器和书籍作见面礼。这些非同寻常的礼品，令康熙帝“天颜喜悦”，当即决定让他们入宫，担任自己的科学顾问。从此开始了外国科学家在清朝宫廷从事科学活动长达数十年的局面。

白晋等人入宫后，与康熙相处很融洽，工作也很顺利。他们对康熙热衷科学的态度给予了高度评价，曾把他们的见闻写在给路易十四（1643～1715年）的报告中。1698年巴黎出版的白晋著《中国皇帝康熙传》中有过如下记述：

康熙带着极大的兴趣学习西方科学，每天都要花几个小时同我们在一起，白天和晚上还要用更多的时间自学。他不喜欢娇生惯养和游手好闲，常常是起早贪黑。尽管我们谨慎地早早就来到宫中，但他还是经常在我们到达之前就准备好了，他急于向我们请教一些他已经做过的一些习题，或者是向我们提出一些新的问题……

有时他亲自用几何方法测量距离，山的高度和池塘的宽度。他自己定位，调整各种仪器，精确地计算。然后他再让别人测量距离。当他看到他计算的结果和别人测量的数据相符合，他就十分高兴。

对从法国带来的科技仪器，白晋说康熙“最喜欢的是用于观察天体的双筒望远镜、两座挂钟、水平仪，这种仪器精确度很高，他让把这些仪器摆放在自己的房间里”。他“把着直尺和圆规爱不释手”。

在法国巴黎凡尔赛宫2003年曾举办了“康熙大帝展”，展出故宫珍藏的康熙年间西洋科学仪器，至今仍运转自如，光彩耀人。这些展品主要有：（1）手摇计算机。世界上第一台手摇计算机是法国科学家巴斯如于1642年制造的，通过里面的齿轮进位进行计算。故宫博物院收藏10台手摇计算机，都是康熙年间制作，能进行加减乘除运算。（2）铜镀金比例规。原是伽利略发明的计算工具，可以进行乘、除、开平方等各种计算。康熙的比例规增加平分、正弦等不同的计算。（3）康熙角尺：尺上镌刻有“康熙御制”四个字。（4）平面和立体几何模型，全部由楠木精制，是清宫造办处为康熙学习几何学所制作的教具。（5）绘图仪。质地有银、木、漆、鲨鱼皮等，每套6至20余件不等。盒内装有比例规、半圆仪、分厘尺、假数尺、两脚规、鸭嘴笔等。为适用野外作业，有的还配有刀子、剪子、铅笔、火镰、放大镜、黑板、画棒等。这类仪器是康熙时期清宫造办处仿照西洋绘图仪器制作的，用于野外绘图。（6）御制简平地平合璧仪：它是集简平仪、地平仪、罗盘、象限仪、矩度为一仪的多功能测量仪器，携带方便，具有适合野外作业的特点。它共分六层，由清宫内务府造办处制造。

白晋、张诚之后，又陆续有不少西方科学家来到清宫。他们最大的成绩，莫过于促使康熙创建了被他们称为“中国科学院”的蒙养斋算学馆，和促使康熙实施了中国地理大测绘这一伟大创举。

康熙组织的这次地理大测绘，对世界地理学的贡献不容低估。法国科学家们也因此而有机会到中国各地考查，在其他方面的收获也相当大。康熙四十八年（1709年），杜德美参加了赴东北的勘测队。他在长白山见到采参的情况后，把参的性能、产地、采集、保存等等，写成文字、绘出图样寄回法国发表。没想到4年后，另一位法国科学家参照杜德美有关人参的文章，在加拿大与长白山纬度相近的魁北克一带，也发现了相似的参。它产于西洋，就有了“西洋参”这个名字。