但是在公元前49年爆发的庞贝与恺撒的罗马内战中，布鲁特斯作为保守派的代表投靠了他的老仇敌庞贝。在希腊境内的法塞拉斯大战中庞贝惨败，之后布鲁特斯便写信致歉于恺撒，并很快得到了原谅。恺撒又在这以后将他召入了自己的阵营。

凯撒十分喜欢布鲁图斯，并且尊重他的意见。但是布鲁特斯和其他一些参议员一样并不满足于罗马共和国的现状，因为凯撒当时已经是一个独裁者。于是布鲁特斯与他的表兄和一些其他人开始联合在一起密谋对付凯撒。公元前44年，在布鲁图斯的策划下，一群参议员(其中包括布鲁特斯)将恺撒刺杀于庞贝城剧院的台阶上。凯撒这位著名的独裁者死前最后的遗言，还在感叹为什么是布鲁特斯杀了他，恺撒对待他像对待儿子一样，而且也许布鲁特斯就是他的儿子。

但当时人民爱戴死去的恺撒。于是新首领安托尼乌斯决定利用这个局势。布鲁图斯等人因此被带上了叛国的罪名。他们不得不逃亡东方。

在雅典，布鲁特斯筹集资金征募士兵组建罗马军团。公元前42年春天，布鲁特斯的军队打回了罗马。根据希腊历史学家的说法，战斗时布鲁特斯因为每日梦见恺撒而倍受恶梦折磨，而且也有一些预兆显示布鲁特斯将会在这次战争中失败，所以布鲁特斯军队的士气十分地低下。布鲁图斯最终战败，在