明朝建立不久，朱元璋召见大臣，宣布说：“从现在起要严立法禁，凡是官吏贪污害民的，决不宽恕。你们都要好好领会我这句话，如果廉洁奉公，就好似走在平坦的大道上，从容自在，如果贪赃犯法，将好似闯进荆棘丛中，寸步难行，即使勉强挣扎出来，也是体无完肤的。”接着，他制定了各种规章制度，严禁官吏的贪污盗窃，并召见各府州县的官吏，告诫他们说：“现在天下刚安定下来，老百姓的财力都很困难，好比刚飞的小鸟拔不得羽毛，新栽的小树动不得根，应该让他们休养生息，发展生产，你们千万不要去扰害他们。”

但是，当时的官吏，并没有把朱元璋的活放在心上。他们认为新登基的天子都要来这一套，那不过是说说而已，不必当真。他们学元朝官吏的样，见钱就抓，见财就捞，贪赃枉法，无所不为，“掌钱谷者盗钱谷，掌刑名（即刑罚，泛指法律）者出入刑名（即不按法律办事）”。浙西地区农民交纳秋粮，原先规定交到京城南京的仓库，农民就要额外花销一笔很大的运费。后来朝廷为减轻农民的负担，让农民把粮食折成钞币，将钞币直接交给附近的官府，称为“折粮”。但许多地方官却向农民征收各种车船运费和包装粮食的蒲包、竹篓费。这些加征的运费和包装费，竟高达粮食折价的百分之五十。有个负责征收税粮的粮长邾阿仍，在征收粮米一万石之外，用巧立名目的办法，多征粮食二万二千石，钱一万一千一百贯。农民缴纳不起，他强迫农民揭瓦拆屋，变卖衣裳、锅灶、牲口和农具作抵押，弄得许多人倾家荡产。一个地方的小吏竟贪污这么多钱粮，中央的大官贪污的数额就更大了。丞相胡惟庸广收贿赂，他家中的金帛、名马和各种奇珍异宝，据说多得没法数。朱元璋连声哀叹说：“各衙门的官吏上任前，我都开导过他们，叫他们不要胡作非为。但去了以后，有几个听我的话？”“象这种愚下之徒，我这般大年纪，说得口干了，气都接不上来了，也说他不醒！”

为朱家王朝的长治久安着想，朱元璋便用极其严厉的手段来打击贪污。只要发现官吏有贪污违法的行为，他即动用残酷的刑罚，严加处治。凡是贪赃枉法的，统统发配到北方偏僻荒凉的地方充军。贪污赃款银六十两以上的，都押到土地庙枭首示众，剥皮实草。连官吏出差乘坐官家的牲口、车船，携带私人物品超过规定重量的，也严惩不贷。明政府规定乘坐官家的牲口，除随身衣物外，携带私人物品超过十斤的，每五斤笞（用小荆条或小竹板敲打臀部、腿或背）十下，每十斤罪加一等，最重到杖（用大荆条、大竹板或棍棒拷打臀部、腿或背）六十下。乘坐官家车船，附载私物超过三十斤的，每十斤笞十下，每二十斤罪加一等，最重到杖七十下。

除了平时的零星打击，朱元璋还集中清查了几个大的贪污案件，对贪官污吏进行了几次大规模的清洗。1385年，御史余敏、丁举廷告发北平（今北京）承宣布政使司（主管行政的省级机构），提刑按察使司（主管司法的省级机构）的官吏李彧、赵全德等人，伙同户部侍郎（主管土地、户籍、财政的副长官）郭桓、胡益、王道亨等人贪污舞弊，吞盗官粮。朱元璋命令司法部门严加追查，牵连到礼部尚书赵瑁、刑部尚书（主管刑法的最高长官）王惠迪、兵部侍郎（主管军事的副长官）王志、工部侍郎麦志德等朝廷的高级官员和各布政使司的官员，以及地方上的许多豪强地主。明政府发现他们除了盗窃国库的金银宝钞，盗卖官仓的粮食外，还贪污大量没有入库的税粮和鱼盐等各项税款。贪污盗窃的总额折成粮食，共达二千四百多万石。朱元璋下令将赵瑁、王惠迪等人弃市（在闹市处死，将尸体暴露街头）；郭桓等六部侍郎以下的官员也统统处死；各布政使司有牵连的官吏几万人都逮捕入狱，严加治罪；追赃牵连到各地的许多大地主，被抄家处死者不计其数。

在打击贪污的过程中，朱元璋不仅雷厉风行，毫不手软，而且不避权贵和亲属，不论职位多高，同他本人的关系多么密切，也决不曲宥。丞相胡惟庸除了贪污，还犯有其他罪状，被处死。开国元勋华云龙，在北平私自占据元朝丞相的住宅，被撤职罢官。驸马都尉（皇帝的女婿）欧阳伦，凭着自己是朱元璋结发妻子马皇后亲生女儿安庆公主的丈夫，不顾朝廷-私自贩卖茶叶，几次在陕西贩运私茶；他的家奴周保还叫当地官吏，征调民间的几十辆车子为他家运输私茶，稍不如意，就任意打骂地方官吏。由于欧阳伦有权有势，谁也不敢过问。有个河桥巡检司的小吏不堪凌辱，把这事告发了。朱元璋得到消息，怒不可遏，下令赐死欧阳伦，诛杀他的家奴周保，还写了一个通敕令，派人带去给那个告发的小吏，表扬他不避权贵的精神。

在严惩贪官的同时，朱元璋又大力表彰廉吏，以扶正压邪。济宁（治所在今山东济宁）知府方克勤，为官清廉，关心百姓疾苦。当时朝廷号召农民开荒，规定荒地垦种三年才开始征税。但他上任之前，当地官吏不按规定办事，不到期限就向开垦的农民征税。百姓说朝廷不守信用，都扔下土地不种了。方克勤上任后，就宣布要严格执行朝廷的规定，并把土地按土质的肥瘠分成九等，依照等级收税，民心马上安定下来，开荒种地搞得热火朝天。后来，有一年夏天遇到干旱，农民正忙着抗旱抢种庄稼，当地的官军却下令征调民工修城。方克勤赶忙出来阻挡，说：“老百姓正忙着耕种，怎么能去干扰他们？”他请求中书省取消这项徭役，得到了中书省批准。徭役废除后，随即下起了一场大雨，老百姓非常高兴，编了一首民谣说：“孰（谁）罢我役？使君之力。孰活我黍？使君之雨。使君勿去，我民父母。”方克勤还注意兴办教育，在乡村办起社学，延请儒师教民间子弟读书。他在济宁任职三年，“户口增数倍，一郡饶足”。但自己却过着十分简朴清贫的生活。一件布袍穿了十年没有换新的，每天只吃一顿有肉的菜。三年后方克勤到京城朝见，朱元璋特地赐宴表彰他，并把他送回济宁继续做知府。

经过二、三十年的斗争，明朝官场的风气逐渐有了好转，吏治日趋清明，社会慢慢安定下来，经济也随着发展起来了。