游学十几年后，王充返回故乡，担任上虞县椽功曹，不久又升任会稽郡都尉府椽功曹。职任升迁后，王充怀着满腔热情，想舒展他的-抱负。那时适逢会稽郡连年旱灾，物价飞涨，农民流亡，但贵族豪家却奢纵无度。因此，王充写了一本奏记，向会稽郡太守提出禁奢侈，以备困乏。但他的建议未被采纳。他又向郡太守奏本，建议禁酒，以节约粮食，但又没有被采纳。王充终因主张与官僚们不合，被“贬黜抑屈”，离开了五官功曹的职位。王充升位时，那些趋炎附势的亲朋故旧都来攀龙附凤，奔走门下。王充废退穷居后，这些人就立即纷纷离去，对他另眼相看了。王充深深觉得这些人的可鄙又可恨，便写了一部《讥俗节义》，对当时社会的黑暗和人情冷暖作了深刻的揭露和讽刺。但这部著作已失传了。

    从东汉明帝永平十八年(75年)春开始，“时雨不降，谷麦伤旱，秋种未下”，旱情很重。建初元年(76年)，“牛多疾疫，垦田减少，谷价颇贵，人口流亡。”建初4年(79年)，又“雨泽不适”，连遭水涝之灾。建初5年(80年)，又是旱灾，农民被迫离开土地，流离失所。大规模的流民，往往是农民起义的前奏。作为地主阶级思想家的王充，是十分重视这一严重的社会问题。那时，“贵族近亲，奢纵无度，嫁娶送终，尤为僧侈，有司废典，莫肯举察。”(《后汉书·肃宗孝章帝纪》)王充愁精苦思，写了一部-著作《政务》，批评当时的封建统治者“徒欲治人，不得其道”。这部著作也已失传。

    完成《讥俗节义》、《政务》后，王充集中精力开始写作他一生中最重要的著作《论衡》，对当时已成为封建法典的“天人感应”和谶纬神学的妄说，展开了系统的批判和猛烈的抨击。同时对其他学说，诸如道老、墨学等也进行了评述，并涉及到农、医、天文、算学等诸多的自然科学方面。因此，王充的《论衡》一书，其主要是批判那些虚妄之言，“考论实虚”外，还是古代的一部“小百科全书”。王充在写作《论衡》时，已是“贫无一亩庇身”，受着饥寒的威胁，生活上处于非常困厄的境地了。在这样的困境中，王亢经过十几年的疾笔奋斗，于汉章帝元和三年(86年)，基本上完成了这部杰出的著作。那时，王充也大约有60岁了。

    王充在完成《论衡》一书的写作后，便应扬州刺史董勤的征辟前赴扬州郡的丹阳(今安徽宣城)、庐江(今安徽庐江)，不久又到了九江(今安徽寿春，一说东汉时，九江府治在阴陵县，今安徽建远县西北)。到了九江后，王充担任刺史府的治中从事。王充在《论衡·自纪》篇里说：“职在刺割”，指的即是佐辅刺史割断政事的职务。从元和三年至章和二年(公元86年一88年)，因为生活动荡和公务繁忙，王充没有从事著述。

    汉章帝章和二年，即王充大约62岁那年，东汉王朝撤销了扬州郡建制，王充也随着离开九江，返回故乡上虞。王充的挚友、矩鹿郡太守谢夷吾得到这个消息，特地上书汉章帝，荐举王充。汉章帝看了荐表后，特诏公车署派员到会稽征辟，但王充却以者病为辞，没有奉诏应征远行。

    王充从九江返回故乡上虞后，在贫困的生活中度过他的晚年。从《论衡·自纪》篇里自述“贫无供养”看来，王充晚年生活上没有可以依靠的子女，而且此时，王充不但生活困难，还疾病缠身。为了与疾病作斗争，他采取“闭目塞聪，养精自保”的办法。这时，他除了对《论衡》一书作最后修改定稿，编定目次，写作序言《对作》之外，还写了《养性》一书(也已失传)。这本书是养生保健之作，基本上属于黄老思想的著作。他意识到自己将不久于人世，在他垂暮之年，又坚持写了《自纪》篇，收入在《论衡》一书里。大约在汉和帝永元九年(97年)，王充便与世长辞了，终年约71岁。死后，门人把他葬在上虞县城西南7．5公里的乌石山。

    王充的无神论思想，无论是在他生前还是他死后，都一直被封建统治阶级视为“异端”，受到冷遇、攻击和禁锢。他的著作《论衡》，“在中土，不得传”，后来因一知名学者蔡邕到了吴地(即今江浙一带)，始得此书，带回西安，才没有使王充的思想湮没在历史的长河里。由于王充的思想直刺汉儒神学，所以在中国古代思想史上，留下了光辉的一页，对后代唯物主义思想家和无神论者产生了深刻的影响。