1906年6月，章太炎刑满出狱，同盟会派人把他接往日本东京，还举行了二千人的盛会欢迎。章太炎参加了同盟会；任同盟会机关报《民报》的主编，投入《民报》对保皇派《新民丛报》的大论战，写了一系列立场鲜明的文章。

    这期间，他因为《民报》的经费问题，和孙中山发生龃龉，对孙中山的革命活动由于隔阂而产生不满，便大肆攻击孙中山。1910年2月，他和陶成章在东京重组光复会，任会长，与同盟会公开分裂。

  1911年10月武昌起义爆发，章太炎回国来，竟附和立宪派“革命军兴，革命党消”的主张，要求解散同盟会。19l2年1月，他在上海组织中华民国联合会，自任会长。他对孙中山的误解越来越深，反对《中华民国临时约法》，又反对建都南京，甚至通电拥护袁世凯。直到1913年袁世凯刺杀宋教仁，野心彻底暴露，他才觉悟过来，冒着生命危险到北京去指责袁世凯，结果遭到软禁。软禁期间，他拒绝袁世凯的收买，几次逃跑都未成功。

    1916年袁世凯死后，章太炎才获得自由，参加过孙中山领导的反对北洋军阀的斗争。他见国事依然混乱，感到忧心仲，忡，又因为远离群众，看不到人民群众的力量，进而心灰意冷。他回到上海，宣告杖门谢客，不再过问国事了。后来又到苏州主持国学讲习会，鼓吹“读经有千利而无一弊”，认为五四新文化运动是“离经叛道”；对孙中山的三大政策以及国共合作，也都持反对态度。

    1931年“九·一八”事变发生，章太炎强烈反对蒋介石“攘外必先安内”的政策，主张坚决抵抗日本侵略。1936年6月14日，他病逝于苏州。

  章太炎还是中国近代在国学上多方面深有造诣的著名学者，在文学、历史学、语言学等方面都有所贡献。著述均收入《章氏丛书》(正续三编)。