桓玄收到信后，感到非常惆怅，明白无法阻止慧持西行。慧持来到四川，住在龙渊寺，大力弘扬佛法，受到四方人士的钦慕，刺史毛琼更是雅相推崇。

    在当时，僧人慧岩、僧慕，已先在眠蜀，受到当地人的尊敬，待慧持来后，人们都望风推服，以至于凡是来到慧持僧堂的人，都被称作“登龙门”。

    僧慕幼年时就很有才华，为蜀郡僧官。慧岩博学多识，素为毛蔗所敬重。后来，蜀人谯纵，杀死毛璩，割据蜀郡，自称成都王。纵召集僧人，设立斋会，逼请慧岩，慧岩不得已只好去了。因毛璩与慧岩是多年的朋友，现在被人杀害，慧岩睹事增悲，痛形于色，因此，遭到谯纵的忌恨，就将慧岩杀了，人们都感到非常害怕、恐慌。慧持避乱来到郸县，住在中寺。谯纵有个侄子名道福，凶残无比，带兵来到郸县，到处-，血流成河，道福来到寺中，众僧人很害怕，纷纷逃跑了。慧持在房中盟洗，神色安详，道福来到慧身边，慧持弹指洒水，淡然自若，道福愧悔而汗流满面，灰溜溜地了。出了寺门之后，道福对手下的人说：“道德高尚的人就是与众人不—样！”

    后境内清靖，慧持又回到龙渊寺，讲述演说佛经，斋戒仟悔，越到老年越加驾勤。于东晋安帝义熙八年(公元412年)卒于寺中，终年76岁。临终时遗命弟子，务要勤勉律仪，他对弟子们说：“经文上说，戒如平地，众善由生。你们的一举一动，都要谨慎啊!”又把所藏经籍法典，传给弟子道泓、昙兰。道温业行清敏，昙兰神悟天发，都继承了师父的事业。