晚些时候，支遁又移居石城山，修建栖光寺。闲居山寺，游心禅院丝林；食野果，饮溪水，浪志无生。在这期间，他注释了《安般经》、《四禅经》等经文，并著《即色游玄论》、《圣不辩知论》、《道行旨归》、《学道戒》等著作。支遁在佛学方面的功力，可与马鸣(古印度佛教理论家、佛教诗人，约公元l世纪一2世纪在世)和龙树(古印度佛教哲学家，约公元2世纪一3世纪在世)相比美。

   支遁又来到山阴，讲说《维摩经》。支遁作主讲的法师，许询作唱经的都讲。支遁每阐明一义理，四座无不心悦诚服，都认为许询再提不出驳难；许询每设一驳难，众人都以为支遁无法阐明。如此一来一往，二人难分上下。听讲的人只顾赞叹二人的连珠妙语，却顾不上辨别义理何在。

   到晋哀帝即位时(公元362年)，哀帝多次派使者，敦请支遁到京城。支遁到京师后住东安寺，宣讲《道行波若经》，朝野士庶、僧侣居士莫不悦服。王濛预先构思好一些精妙玄理，并设计了华丽的词藻，去找支遁交谈。王濛说了几百句话，自认为都是高明的玄理和不凡的言辞，一定能驳倒支遁。支遁缓缓地说：“我和先生一别多年，您的义理言谈一点儿也没有长进。”王濛满面羞惭而退，感 叹道：“支遁是佛界王弼、何曼一流人物啊!”

      郗超问谢安：“支遁在玄谈上与嵇康(竹林七贤七一)相比怎么样?”谢安回答说：“嵇康须不断努力，才能赶上支遁。”郗超又问：“殷浩与支遁相比又如何？”谢安回答说：“如果论娓娓而谈，恐怕殷浩要胜过支遁；若论卓然有识，支遁要超过殷浩。”郗超后来在给亲友的一封信中说：“支遁法师神理所通，玄拔独悟。数百年以来，绍明大乘佛法，令真理不绝，唯此一人而已。”

     支遁在京师住了将近3年，又回到东山。临行前上书给皇上告辞。皇上即下诏准许，并赐给很多钱物，发遣支遁。当时的社会名流，都来到长江边上的征虏亭为他饯行。当时蔡子叔先来，坐在离支遁很近的地方，谢安后到，正值蔡子叔起身，谢安就坐在蔡子叔的座位上。过了一会儿，蔡子叔又回来了，见谢安坐在他的位置上，就连座位和谢安一起举起来掷到一边，谢安也不介意。支遁为当时的贤达之士所钦慕到如此地步。

   随后支遁来到剡山，优游于林泽之间。别人送给支遁一匹骏马，支遁很喜欢，就把骏马养起来，有人却说：“出家人养马，很不得体。”支遁说：“我只是爱它的神气俊迈才养它的。”后来又有人送给支遁一只仙鹤，支遁对仙鹤说：“你是凌云冲天的飞禽，怎能作为人们的玩物欣赏?”于是他放飞了仙鹤。

   支遁年轻的时候，曾与师父有过一次辩论，他说人们吃鸡蛋，并不是杀生。师父也不能说服他。师父去世后，又显形来见他，着一只鸡蛋掷在地上，蛋壳摔破，雏鸡跳出来，倾刻之间又什么都没有了。支遁由此而感悟，从此坚持素食终生。

    支遁一次路过余姚坞，在坞中住了一夜，到第二天早上还在坞中，迟迟不肯离去，有人问他，他回答说：“过去谢安多次在此与我会面，现在，触景生情，怎能不想呢?”

     后来支遁病重时，又回到坞中，在东晋废帝太和元年(公元366年)闰四月四日去世，年53岁。死后安葬在坞中，他的墓冢现在还在。也有人说支遁卒于剡县，详细情况不清楚。

    支遁去世后，都超为他作序传，袁宏作铭赞，周昙宝作诔文。

    孙绰在《道贤论》中将支遁与“竹林七贤”之间一向秀相提并论，
《道贤论》中说：“支遁、向秀二人都雅尚《老子》、《庄子》，二人虽不同时，但风雅玄谈却是相同的。”《喻道论》中说：“支道林识清体顺，而不对于物。玄妙之道与神情同任。这就是远流之所以归宗，悠悠者之所以未悟啊!”后来名士戴逵来到支遁的墓地前，感叹道：“大师的德音犹在耳旁，而墓地上合抱粗的树木已经长的很繁茂了，只希望您那精妙的玄谈长久地流传下去，不要同您的气数寿限一起终了啊！”

     支遁有位同门名叫法度，精理入神，先支遁而亡，支遁叹道：“从前有位石匠因郢人去世而放弃运斧，俞伯牙因钟子期亡故而不再弹琴。由自己此时的感受而推及他人，的确不是虚言。默契的知音已经去世，谈话也没有人能欣赏，心中的郁闷难以排解，我不久也要死了!”于是著《切悟章》，临死前完稿，落笔而卒。

    支遁生前的著述结集为10卷，至今盛行于世。

  当时东土还有位高僧竺法仰，以智慧和义解知名，被名士王坦之所推重。法仰去世后还显形来见王坦之，勉励他修持道业。